INVESTIGADORES
RUBERTO Lucas Adolfo Mauro
congresos y reuniones científicas
Título:
Evaluacion molecular del potencial biodegradador de suelos antárticos contaminados con hidrocarburos
Autor/es:
VAZQUEZ, SC, DIONISI H, RUBERTO L, MAC CORMACK WP
Lugar:
Buenos Aires, Argentina
Reunión:
Simposio; º Simposio Argentino y 1º Latinoamericano sobre Investigaciones antárticas; 2004
Institución organizadora:
Instituto Antártico Argentino
Resumen:
Estudiar la dinámica de poblaciones bacterianas a escala molecular es esencial para
comprender los procesos de biodegradación de contaminantes y estudiar cómo éstos pueden
ser estimulados y monitoreados. El uso de marcadores filogenéticos, como el gen ARNr 16S,
aporta muy poca información acerca de los procesos biodegradativos debido a que éstos no
son necesariamente llevados a cabo por bacterias relacionadas. Por lo tanto, es importante
complementar con la detección de genes de enzimas claves en rutas biodegradativas, ya que
éstos pueden reflejar la diversidad funcional de estas poblaciones de bacterias.
Los estudios moleculares utilizados consisten en el aislamiento de ADN a partir de cultivos
de cepas y consorcios y a partir de muestras de suelo contaminado de las bases Tte.Jubany
y Vo Marambio, Antártida, y la posterior amplificación por PCR de genes involucrados en
la degradación de hidrocarburos alifáticos y aromáticos (alkB, nahAc y xylE) y del gen ARNr
16S, cuya secuenciación (junto con el uso de técnicas clásicas y el sistema API20, Biomerieux)
permitió la identificación de las cepas. Para XylE y nahAc se decidió usar primers degenerados
tomados de la bibliografía. Para el diseño de primers específicos para el gen alkB se
alinearon 35 secuencias de este gen obtenidas de las bases de datos. Su análisis demostró
la existencia de muy pocas regiones conservadas y similitudes variables entre 41 y 100%, indicando
la dificultad en el diseño de un único par de primers capaz de reconocer todas las secuencias,
debido a su alta variabilidad. Otro problema que surge al momento de diseñar primers
para estudios de este tipo es el sesgo encontrado en las bases de datos hacia secuencias
provenientes de organismos fácilmente cultivables, mientras que los no cultivables están
pobremente representados. También el aislamiento de ADN total de suelos presenta numerosos
inconvenientes por los bajos rendimientos que se obtienen con los suelos estudiados y la
dificultad para amplificar los genes. Al presente se está trabajando en la puesta a punto de
estas técnicas para las muestras de Antártida, con el objetivo de caracterizar las cepas y consorcios
usados en biomagnificación, analizar los cambios en las comunidades bacterianas degradadoras
y monitorear los procesos de bioremediación.o Marambio, Antártida, y la posterior amplificación por PCR de genes involucrados en
la degradación de hidrocarburos alifáticos y aromáticos (alkB, nahAc y xylE) y del gen ARNr
16S, cuya secuenciación (junto con el uso de técnicas clásicas y el sistema API20, Biomerieux)
permitió la identificación de las cepas. Para XylE y nahAc se decidió usar primers degenerados
tomados de la bibliografía. Para el diseño de primers específicos para el gen alkB se
alinearon 35 secuencias de este gen obtenidas de las bases de datos. Su análisis demostró
la existencia de muy pocas regiones conservadas y similitudes variables entre 41 y 100%, indicando
la dificultad en el diseño de un único par de primers capaz de reconocer todas las secuencias,
debido a su alta variabilidad. Otro problema que surge al momento de diseñar primers
para estudios de este tipo es el sesgo encontrado en las bases de datos hacia secuencias
provenientes de organismos fácilmente cultivables, mientras que los no cultivables están
pobremente representados. También el aislamiento de ADN total de suelos presenta numerosos
inconvenientes por los bajos rendimientos que se obtienen con los suelos estudiados y la
dificultad para amplificar los genes. Al presente se está trabajando en la puesta a punto de
estas técnicas para las muestras de Antártida, con el objetivo de caracterizar las cepas y consorcios
usados en biomagnificación, analizar los cambios en las comunidades bacterianas degradadoras
y monitorear los procesos de bioremediación.alkB, nahAc y xylE) y del gen ARNr
16S, cuya secuenciación (junto con el uso de técnicas clásicas y el sistema API20, Biomerieux)
permitió la identificación de las cepas. Para XylE y nahAc se decidió usar primers degenerados
tomados de la bibliografía. Para el diseño de primers específicos para el gen alkB se
alinearon 35 secuencias de este gen obtenidas de las bases de datos. Su análisis demostró
la existencia de muy pocas regiones conservadas y similitudes variables entre 41 y 100%, indicando
la dificultad en el diseño de un único par de primers capaz de reconocer todas las secuencias,
debido a su alta variabilidad. Otro problema que surge al momento de diseñar primers
para estudios de este tipo es el sesgo encontrado en las bases de datos hacia secuencias
provenientes de organismos fácilmente cultivables, mientras que los no cultivables están
pobremente representados. También el aislamiento de ADN total de suelos presenta numerosos
inconvenientes por los bajos rendimientos que se obtienen con los suelos estudiados y la
dificultad para amplificar los genes. Al presente se está trabajando en la puesta a punto de
estas técnicas para las muestras de Antártida, con el objetivo de caracterizar las cepas y consorcios
usados en biomagnificación, analizar los cambios en las comunidades bacterianas degradadoras
y monitorear los procesos de bioremediación.XylE y nahAc se decidió usar primers degenerados
tomados de la bibliografía. Para el diseño de primers específicos para el gen alkB se
alinearon 35 secuencias de este gen obtenidas de las bases de datos. Su análisis demostró
la existencia de muy pocas regiones conservadas y similitudes variables entre 41 y 100%, indicando
la dificultad en el diseño de un único par de primers capaz de reconocer todas las secuencias,
debido a su alta variabilidad. Otro problema que surge al momento de diseñar primers
para estudios de este tipo es el sesgo encontrado en las bases de datos hacia secuencias
provenientes de organismos fácilmente cultivables, mientras que los no cultivables están
pobremente representados. También el aislamiento de ADN total de suelos presenta numerosos
inconvenientes por los bajos rendimientos que se obtienen con los suelos estudiados y la
dificultad para amplificar los genes. Al presente se está trabajando en la puesta a punto de
estas técnicas para las muestras de Antártida, con el objetivo de caracterizar las cepas y consorcios
usados en biomagnificación, analizar los cambios en las comunidades bacterianas degradadoras
y monitorear los procesos de bioremediación.alkB se
alinearon 35 secuencias de este gen obtenidas de las bases de datos. Su análisis demostró
la existencia de muy pocas regiones conservadas y similitudes variables entre 41 y 100%, indicando
la dificultad en el diseño de un único par de primers capaz de reconocer todas las secuencias,
debido a su alta variabilidad. Otro problema que surge al momento de diseñar primers
para estudios de este tipo es el sesgo encontrado en las bases de datos hacia secuencias
provenientes de organismos fácilmente cultivables, mientras que los no cultivables están
pobremente representados. También el aislamiento de ADN total de suelos presenta numerosos
inconvenientes por los bajos rendimientos que se obtienen con los suelos estudiados y la
dificultad para amplificar los genes. Al presente se está trabajando en la puesta a punto de
estas técnicas para las muestras de Antártida, con el objetivo de caracterizar las cepas y consorcios
usados en biomagnificación, analizar los cambios en las comunidades bacterianas degradadoras
y monitorear los procesos de bioremediación.