Efecto de la conformación de la proteína blanco en estudios de acoplamiento molecular

LEANDRO MARTÍNEZ HEREDIA; DIEGO PASCUA; PATRICIA A. QUISPE; LAVECCHIA, MARTIN J.

Quilmes

Simposio; 4to Simposio Argentino de Jóvenes Investigadores en Bioinformática; 2019

UNQ

En las metodologías clásicas de virtual screening basadas en estructura, es común la utilización de una única conformación de la proteína de interés para la búsqueda de nuevos compuestos lideres, siendo ésta generalmente una estructura cristalina. Metodologías más recientes proponen tener en cuenta un conjunto de conformaciones del blanco a nivel del sitio de interés, que pueden ser obtenidas a partir de simulaciones por dinámica molecular. Ésta estrategia permite considerar la plasticidad que pueda presentar el sitio druggable, con la intención de optimizar la selección de candidatos en experimentos in silico.  La selección de conformaciones del blanco molecular, basado en la clusterización de la DM, plantea mejoras respecto a utilizar la estructura experimental de forma directa. Se analizaron diferentes formas de promediar los resultados obtenidos para cada cluster. Tanto en PARP como en CDK2 los promedios obtuvieron mejor valor de AUC de las curvas ROC. Sin embargo no hubo una mejor opción que predomine en los tres sistemas.No se observó en los sistemas analizados una variación de correlación entre el score de docking y la similitud basada en el índice de Tanimoto de compuestos activos y decoys respecto al ligando cristalizado. Podemos concluir de este resultado que al menos en los sistemas estudiados no hay diferencias al usar una estructura cristalina apo y holo, como tampoco realizar la DM con o sin el ligando original.