Análisis piloto de microbiota humana en muestras argentinas-chilenas de origen fecal y de piel

RODRIGO PERALTA; IGNACIO CASSOL; EUGENIA ELGUERO; ANDREA MILLAN; FRANCISCO ZAPATA; HUGO ALVARADO; DERIE FUENTES; GLORIA CERRONE; GUSTAVO FRECHTEL; INTI PEDROSO; CHRISTIAN BOGGIO MARZET; JUAN PABLO BUSTAMANTE

Workshop; XI Workshop de la Sociedad Española de microbiota, probióticos y prebióticos; 2020

Sociedad Española de microbiota, probióticos y prebióticos

Introducción. En la última década se han incrementado exponencialmente la cantidad de publicaciones que abordan el estudio de la microbiota humana. Esto trae consigo el empleo de numerosos métodos para la obtención, análisis, visualización e interpretación de los datos de microbiota. Frente a la amplia diversidad de metodologías, no hay aún un consenso sobre el proceso de análisis. En este trabajo se comenzó a diseñar e implementar un protocolo, desde la extracción de las muestras hasta la interpretación de resultados, para el análisis de la microbiota humana a partir de muestras de dos sitios, fecales y de piel.Metodología. Se secuenciaron 8 muestras (paired-end reads) partiendo de amplificaciones de regiones del marcador 16S para 4 muestras fecales y 4 muestras de piel. En el caso de las de piel, también se amplificó una región del marcador 18S.Las secuencias obtenidas se editaron con cutadapt, eliminando adaptadores y cebadores. La calidad de estas se evaluó con FastQC. El proceso de eliminación de ruido, desreplicación y eliminación de quimeras se realizó con Deblur y Dada2. La asignación taxonómica se hizo con Vsearch, empleando como base de datos de referencia SILVA v1.3.2. Las métricas de alfa y beta diversidad se calcularon con QIIME 2.Resultados. Se analizaron las abundancias relativas de las muestras, junto con los análisis de diversidad característicos. En términos generales, los filos más abundantes observados en muestras fecales correspondieron a Firmicutes y Bacteroidetes, mientras que en piel correspondieron a Firmicutes y Actinobacterias.Conclusiones. En este trabajo se presenta un protocolo de implementación del proceso completo de análisis de microbiota en un esfuerzo bilateral Argentina-Chile, desde la extracción de las muestras hasta el análisis de resultados de microbiota humana. Esto permitirá contar con resultados reproducibles, trazables y precisos hacia futuras aplicaciones en la clínica médica, desde su uso como complemento al diagnóstico hasta llegar a ser una herramienta de seguimiento para tratamientos.