Primer Informe de avance Proyecto Biosensores Moleculares para la extracción de hidrocarburos en superficie

CUMINO, ANDREA C.; NICOLAO, MARÍA CELESTE; RODRIGUEZ RODRIGUES, CHRISTIAN

2018-10-23/2019-08-23

Biológica

Energia-Hidrocarburos

El objetivo de este proyecto es inmunodetectar microorganismos del suelo que pertenezcan a áreas de influencia cercanas a los yacimientos de petróleo dada su capacidad de utilizar como única fuente de carbono y energía los gases que emanan de dichos yacimientos. 1° IDENTIFICACIÓN DE DETERMINANTES ANTIGÉNICAS DE LAS PROTEÍNAS BLANCO DE INTERÉS:A-Identificación de secuencias codificantes de las proteínas targets en Genbank: Protein. (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/).A - Secuencias Prototipo. Ver Anexo 1.B-Análisis de secuencias mediante BLAST (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) y Alineamiento múltiple para identificar regiones conservadas comunes entre las proteínas de interés. Ver Anexo 2.C- Determinación de estructura secundaria, terciaria y posibles péptidos señal de secreción clásica y no clásica (ausentes en la secuencia funcional de las proteínas). Ver anexo 3.1. Las regiones de aminoácidos hidrófobos que pertenecen a los dominios transmembrana de las proteínas de membrana, generalmente se consideran antígenos muy débiles debido a su baja solubilidad en agua y, por lo tanto, a escasa accesibilidad al solvente, y por lo general inducen Ab poco específicos. PBD sum (http://www.ebi.ac.uk); http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/, http://www.sacs.ucsf.edu/cgi-bin/hmmtop.py, http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/, http://mendel.imp.ac.at/sat/DAS/DAS.html.SignalP server (http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/SecretomeP server (http://www.cbs.dtu.dk/services/SecretomeP/2° ANÁLISIS in silico DE EPITOPES B PREVIO A LA ADQUISICIÓN DE ANTICUERPOSD- Predicción de péptidos antigénicos (epitopes B):SVMTriP (http://sysbio.unl.edu/SVMTriP)BepiPred (http://www.cbs.dtu.dk/services/BepiPred). Ver Anexo 3-- accesibilidad a solventes: PHD, JPRED y PredAcc.-- péptidos que se encuentran en bucles (coil), evitando aquellos localizados en regiones helicoidales.-- evitar regiones con aminoácidos hidrófobos que pertenecen a los dominios transmembrana.-- la región Nt y Ct de la proteína debido a que suelen ser accesibles a solventes y no estructuradas.E- Análisis de la estructura 3D de la proteína completa para localizar los péptidos antigénicos seleccionados (https://swissmodel.expasy.org/interactive). Ver anexo 4