Biopython para la anotación electrónica de proteínas

SPETALE FLAVIO EZEQUIEL; ANGELONE LAURA; TAPIA ELIZABETH; BULACIO PILAR

Puerto Madryn

Conferencia; Conferencia Internacional: SciPyCon 2013; 2013

El tratamiento de problemas de biología molecular en forma sistemática conlleva la necesidad de diseñar soluciones informáticas para posibilitar la simulación de funciones a nivel molecular. Bajo este objetivo se crea Biopython como una asociación internacional de desarrolladores que aportan herramientas libres implementadas con Python. Dentro de Biopython se destacan aspectos tales como: el objeto Sequence que es el dato base en la Bioinformáticas y el gran número de funciones que ofrece para realizar procesos típicos con secuencias, presentes en escenarios biológicos. Además brinda la posibilidad de interfaces comunes con herramientas bioinformáticas mundialmente usadas como BLAST, ExPASy, servicios PubMed entre otros, permitiendo la reutilzación y logrando de esta manera reducir el tiempo de desarrollo. Asimismo, posee implementaciones de parsers para analizar los archivos de salida tanto de las herramientas bioinformáticas como de las bases de datos biológicos. En nuestro trabajo usamos Biopython para realizar la caracterización de datos de proteínas en vista de una posterior clasificación. El dasafio inicial era cómo generar un conjunto de atributos que caractericen una secuencia de aminoácidos según propiedades fisicoquímicas, que estén asociadas a la función molecular que realiza la proteína. Para ello nuestro desarrollo se basó en la combinación de funciones existentes dentro de la librería Bio (Biopython) sumado al desarrollo de nuevas funciones.