Optimización de protocolos de extracción de muestreo y extracción de ADN antiguo de huesos de pollo de América del sur: perspectivas introductorias del proyecto ARAUCANA

LEBRASSEUR, OPHÉLIE; GIL, ADOLFO; NEME, GUSTAVO; CLAVEL, BENOIT; EVIN, ALLOWEN; FERNÁNDEZ, PABLO MARCELO; ORLANDO, LUDOVIC

Mendoza

Jornada; VIII Jornadas Arqueológicas Cuyanas; 2021

Objetivos. Elproyecto ARAUCANA tiene por objetivos investigar la introducción y las dispersionesde los pollos en América Neotropical, además de la evolución de rasgos localesrelacionados con fenotipos, adaptación ambiental, resistencia a enfermedades yproductividad. Para ello, buscará caracterizar la diversidad genética antiguade las poblaciones de pollos americanos neotropicales a través del tiempo,combinado con el estudio del papel de estas aves en las culturas locales. Para conseguirestos objetivos, una buena conservación del ADN es fundamental. Sin embargo, esbien conocido que los análisis genómicos son propensos a varias limitaciones, yen particular a la degradación del ADN debido al tipo de muestra y lascondiciones ambientales. Esto es aún más cierto para los huesos de aves,que son relativamente pequeños y porosos en comparación con los huesos demamíferos. Además, los análisis genómicos son destructivos por naturaleza. Por lotanto, es esencial que se tomen registros adecuados antes delos análisis. Lastécnicas de imágenes se han empleado cada vez más para abordar este problema,pero pueden permanecer inaccesibles, especialmente en el campo. Lafotogrametría está ganando popularidad, pero aún no se han optimizadoprotocolos para los huesos de aves. Si bien el trabajo de campo del proyecto originalmenteplaneado se vio interrumpido por la pandemia, el tiempo se dedicó a optimizarlos protocolos de extracción de ADN antiguo y de técnicas de imágenes en elcampo para las aves.Metodología.Se procesaron huesos de pollo arqueológicos de los sitiosdel Fuerte San Rafael del Diamante, Argentina (n = 6) y Boves, Francia (n = 17)para la extracción de ADN. Se probaron diferentes protocolos basados en: i) untratamiento con hipoclorito de sodio, y ii) un paso de predigestión. También seprobaron dos protocolos de library-building: Meyer & Kirscher 2013 yel protocolo BEST de Caroe 2018. Con relación a las técnicas de imágenes,comparamos la salida de imágenes de las 17 muestras de Boves generadas por i)el escáner 3D ?Artec Micro? y ii) el software ?Agisoft Metashape Professional? utilizadopara generar un modelo 3D basado en fotografías tomadas con una cámaraconvencional.Resultados.Nuestros primeros resultados sobre la optimizacióndel protocolo de extracción son muy prometedores, con un aumento neto en elrendimiento de ADN endógeno tras un tratamiento con hipoclorito de sodio, un pasode predigestión, y el protocolo de library-building deMeyer & Kirscher 2013. Para las muestras del Fuerte San Rafael delDiamante, pasamos de un rendimiento de ADN endógeno de 0.19-42% hasta4.20-81.14%. Los resultados preliminares en ambas plataformas de imágenesrevelan la posibilidad de generar modelos 3D de alta calidad tanto en ellaboratorio como en el campo, aunque el protocolo de fotogrametría requiereconfiguraciones y condiciones muy específicas. Conclusiones: Estos primeros resultadossugieren que nuestras recomendaciones metodológicas pueden ser muy beneficiosaspara cualquier estudio genómico futuro que desee estudiar especies de aves,tanto en Argentina como en otros lugares. Nuestro siguiente paso es conducir unaevaluación exploratoria de los agentes patógenos presentes en las muestras basadoen los diversos protocolos aquí probados, con el fin de proponer un protocolooptimizado tanto para estudios genómicos sobre el huésped como estudios metagenómicos