Análisis de Microarrays: detectando ritmos circadianos en bacterias

LAYANA C.; LAVORE A.; RIVERA POMAR R.; DIAMBRA L.

Tandil, Buenos Aires

Congreso; XXXVII Congreso Argentino de Genética; 2008

Sociedad Argentina de Genética

  La técnica de microarrays permite medir simultáneamente los niveles de expresión de miles de genes. Analizando estos datos, es posible identificar la dinámica de la expresión de los mismos.   Nuestro objetivo es desarrollar un método de análisis que permita estudiar el patrón de expresión rítmico génico a partir de datos de microarray. Usando herramientas de teoría de la información y modelos autoregresivos desarrollamos un método robusto capaz dedetectar genes con expresión rítmica. Este no es un desafío trivial dado que la aplicación de técnicas tradicionales como el análisis de Fourier solo es aplicable a señales largas con altas tasas de muestreo; por otro lado la técnica del cosinor solo detecta ritmos sinusoidales. En general las medidas experimentales obtenidas a partir de microarray no satisfacen estas características. Nuestro método fue aplicado a datos de microarray de curso temporal de 3070 genes de Cyanobacterium Synechocystis sp. Strain PCC6803. Estos fueron medidos cada 4-horas durante dos ciclos circadianos.   Los resultados obtenidos sugieren que alrededor del 30% de estos genes tienen un comportamiento oscilatorio en el rango de frecuencias circadianas. Dentro de este conjunto de genes encontramos el 100% de los genes  pertenecientes al circuito génicoencargado del control del ritmo endógeno (genes reloj) de esta bacteria. Resultados previos (Kucho et al 2004) encontraron una cantidad significativamente menor de genes rítmicos (10%), y este grupo solo contenía el 25% de los genes reloj.