Nuevos abordajes para el análisis de microbiomas de suelos contaminados a nivel de la composición y las interacciones bacterianas

E. E. NIETO (1), S. FESTA (1), D. COLMAN (1) I. S. MORELLI (1, 2), B. M. COPPOTELLI

Quilmes

Congreso; 3er. Congreso Latinoamericano de Ecología Microbiana, ISME-Lat 2023; 2023

International Society of Microbial Ecology

La estructura de la comunidad microbiana nativa del suelo varía al incorporar un inoculante, quien modifica las interacciones ecológicas que allí ocurren. Previamente se estudió el bioaumento con tres consorcios degradadores de hidrocarburos policíclicos aromáticos (PAH), CS (Sphingobium+Burkholderia), CS-4 (CS más Pseudomonas, Klebsiella e Inquilinus) y CS-1 (CS-4 menos Burkholderia) sobre un suelo contaminado. Los consorcios fueron eficientes en degradar distintos PAH durante el tratamiento (58 días). El objetivo de este trabajo fue analizar el efecto del bioaumento sobre la composición y sobre las interacciones bacterianas del suelo. A partir de datos de secuenciación (Novaseq-QIIME2), se realizó un análisis de abundancias diferenciales a nivel de género utilizando el paquete de R ANCOMBC (v.2.0.0), corte de prevalencia >10%, significancia de 0.05 y método de ajuste holm (p-value y mdFDR). La exploración de las interacciones se realizó mediante la construcción de redes de co-ocurrencia a nivel de orden utilizando la herramienta SparCC (configuración predeterminada y 500 bootstraps), se retuvieron asociaciones con correlaciones > l0,5l. bootstrap 1000 y un p < 0.05. pendiente La visualización y el cálculo de estadísticas de las redes se realizaron con Cytoscape v3.9.1. A los 15 días de tratamiento 38 géneros (7%) mostraron cambios significativos en sus abundancias entre los microcosmos inoculados y control. Aquellos más abundantes en los sistemas inoculados fueron Sphingobium y Sphingomonas (Sphingomonadales), Aeromicrobium (Propionobacteriales), Chthoniobacter (Chthoniobacterales), Burkholderia y Cupravidus (Burkholderiales) y Dyella (Xanthomonadales). La contaminación produjo una reducción importante (37%) de interacciones totales respecto al control sin contaminar; los microcosmos inoculados muestran un número aún menor, principalmente debido a la disminución (entre 40 y 70 %) de interacciones negativas. Se predijeron interacciones positivas significativas entre los órdenes inoculados y microorganismos autóctonos (órdenes Propionibacteriales y Xanthomonadales) potencialmente involucrados la degradación de PAH. A los 58 días solo 3 géneros (0.5%) fueron significativamente más abundantes en los microcosmos inoculados, entre ellos Sulfuritalea y todas las redes tienen mayor número de interacciones, mayor densidad y mayor coeficiente de agrupamiento indicando mayor asociación cuando disminuyen los niveles de contaminantes e inoculantes. Al final del período de incubación de observó una disminución del impacto de la inoculación ya que las comunidades inoculadas se asemejan más al control.