Estandarización de PCR semianidada para detectar variantes argentinas de G tipos de Rotavirus Bovino.

GARAICOECHEA, LORENA; BADARACCO, ALEJANDRA; PARREÑO, VIVIANA

Huerta Grande, Córdoba, Argentina

Jornada; XXIX Reunión Científica Anual SAV.; 2009

SAV-AAM

Los Rotavirus (RV) constituyen el principal agente viral asociado a diarrea neonatal en bovinos. Las proteínas de cápside externa VP4 y VP7 permiten clasificar a los RV en P y G genotipos respectivamente e inducen anticuerpos neutralizantes serotipo-específicos. Para conocer los G tipos de RV bovino, las cepas virales se han caracterizado por PCR heminested multiplex utilizando primers específicos para cada G tipo epidemiológicamente relevante en bovinos (G6, G8 y G10), diseñados en base a la secuencia de cepas de referencia. Mientras que las cepas de RV bovino de Argentina G6 clásicas (linaje IV), G10 y G8 pudieron ser correctamente caracterizadas, un linaje de las cepas G6 (linaje III), propio de bovinos de Argentina, fue caracterizado como G8 de manera errónea con los primers utilizados. El objetivo del presente trabajo fue re diseñar los primers de caracterización para poder detectar correctamente las variantes del genotipo G6, que predominan en RV de bovinos de Argentina. En primer lugar se detectó que el oligonucleótido que originaba la reacción inespecífica era aquel dirigido a G6. Este primer fue reemplazado en la reaccion de PCR multiplex. Para diseñar los nuevos primers se realizó un alineamiento de secuencias de VP7 de RV bovino de Argentina y de referencia. De esta manera se diseñaron 12 oligonucleótidos dirigidos a las variantes de G6 Argentinas, que se evaluaron en la reacción de PCR multiplex. Finalmente se seleccionó un primer específico para las cepas de RV bovino G6 linaje IV y otro específico para las cepas G6 linaje III de Argentina. Ambos originaban un producto de 167pb. Además un tercer oligonucleótido especifico para G6 linaje III que origina un producto de 499pb permitió discriminar entre los dos linajes de G6 detectados en RV de bovinos de Argentina. De esta forma, se logró estandarizar la PCR multiplex para caracterizar RV en bovinos de Argentina que permite detectar los G tipos G10 (722pb), G8 (273pb), G6 linaje IV (167pb) y G6 linaje III (167pb + 499pb). De esta forma, se logró estandarizar la PCR multiplex para caracterizar RV en bovinos de Argentina que permite detectar los G tipos G10 (722pb), G8 (273pb), G6 linaje IV (167pb) y G6 linaje III (167pb + 499pb). De esta forma, se logró estandarizar la PCR multiplex para caracterizar RV en bovinos de Argentina que permite detectar los G tipos G10 (722pb), G8 (273pb), G6 linaje IV (167pb) y G6 linaje III (167pb + 499pb).