Secuenciación multiplex de SARS-CoV-2 en muestras clínicas: caracterización genómica de la primera ola de COVID-19 en la provincia de Santa Fe.

CERRI A, BOLATTI EM, CASAL PE, GV VILLANOVA, POSNER V, EZPELETA J, SPETALE F, GARCIA LABARI I, ACOSTA J, ANGELONE L, MURILLO J, ARRANZ S, BULACIO P, CAVATORTA AL, VIARENGO G, CHOUHY D, LAVISTA-LLANOS S, RE MF, SPINELLI S, TAPIA E, GIRI AA

Santiago

Jornada; XXVIII Jornada de Jóvenes Investigadores AUGM.; 2021

AUGM

IntroducciónLa caracterización de la diversidad genética de virus emergentes es crucial para eldesarrollo de soluciones diagnósticas y vacunas que puedan atender de forma efectiva apotenciales brotes. La obtención rápida de secuencias genómicas, permite la identificaciónde relaciones evolutivas de los virus, el monitoreo de la validez de ensayos diagnósticos yla investigación de potenciales cadenas de transmisión. El objetivo de este trabajo fue eldesarrollo de una metodología de secuenciación genómica para identificar las variantescirculantes del SARS-CoV-2 con costos y tiempos compatibles con la emergencia COVID19, conocer su origen y evolución en la provincia de Santa Fe.Resultados y ConclusionesSe desarrolló y optimizó una estrategia de secuenciación multiplex con la tecnología desecuenciación de lectura larga de Oxford Nanopore Technologies en equipos MinIon, parasecuenciar genomas completos de SARS-COV-2. La estrategia se aplicó para secuenciar12, 48 y 96 muestras en una única reacción, obteniéndose parámetros de calidad(cobertura, profundidad y crosstalk) adecuados. En paralelo, se seleccionaron muestras deextractos de ARN de pacientes con diagnóstico positivo por RT-qPCR para SARS-COV-2.Se obtuvieron 110 genomas completos de individuos residentes en 43 localidades del surde la provincia de Santa Fe, entre 23/3/2020 y 22/12/2020. Las secuencias obtenidas seclasificaron por taxonomía dinámica de linajes con el programa Pangolin COVID-19 LineageAssigner (https://pangolin.cog-uk.io/) y fueron analizadas filogenéticamente por MáximaVerosimilitud con el programa IQ-TREE (https://doi.org/10.1093/molbev/msaa015), enforma conjunta con el Proyecto Argentino Interinstitucional de genómica de SARS-CoV-2(PAIS). Los genomas obtenidos correspondieron a 6 linajes [B.1.499 (56,1%), N.5 (35,4%),N.3 (1,4%), B.1 (4,7%), B.1.1 (1,4%) y B.1.1.28 (0,9%)], en coincidencia con lo observadoen otras provincias argentinas durante el 2020. Dentro de estos linajes se identificaronclusters de secuencias con estrecha cercanía geográfica, evidenciando cadenas detransmisión viral dentro de la provincia de Santa Fe y/o con las provincias vecinas (Chaco,Córdoba y Buenos Aires). Además, se observó que el linaje B.1.499 (ex B.1.3.2) habría sidodesplazado por el N.5 (alias B.1.1.33.5). Ambos linajes son de origen argentino, productode la circulación comunitaria. No se observaron cambios aminoacídicos relevantes quepudieran afectar el diagnóstico y la efectividad de las vacunas. Es necesario caracterizar lasegunda ola para conocer el impacto de las nuevas variantes en el patrón epidemiológicode la provincia.