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Los humedales son unidades claves en el funcionamiento ecosistémico de la Puna, en la cual el agua es un recurso limitante. Entre los principales tipos de humedales que se encuentran en la región se destacan los ríos, lagos, lagunas, salares y vegas. Estos ecosistemas tienen un alto valor de conservación porque son los principales proveedores de servicios ecosistémicos: representan la mayor proporción de productividad primaria, soportan la mayor parte de biodiversidad y son los principales reguladores hídricos de la región. Históricamente han sido afectados por el uso ganadero y actualmente están expuestos a dos tipos de posibles amenazas que incidirán principalmente sobre la hidrología: el cambio climático y usos del territorio de creciente desarrollo, tales como la minería y el turismo. En el presente capítulo resumimos las principales características de los distintos tipos de humedales de la Puna, describimos su importancia como proveedores de servicios ecosistémicos y discutimos su relación con las principales presiones antrópicas a las que se ven actualmente expuestos. Destacamos la necesidad y urgencia de diseñar y promover estrategias de conservación de humedales de la Puna considerando las potenciales amenazas derivadas del cambio climático y el uso del territorio.