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Numerosos estudios han señalado que la población del nordeste de Brasil tiene altas tasas de consanguinidad y alta ocurrencia de enfermedades genéticas raras en poblaciones aisladas. Resulta urgente la elaboración de políticas de salud pública centradas en la vigilancia epidemiológica. Utilizamos apellidos como proxy del aislamiento poblacional, comparando con estadísticas de salud y enfocando en aspectos históricos que pueden haber sido claves. Fueron incluidos 37.410.645 votantes (Registro Nacional Electoral, 2010), distribuidos en 1.794 municipalidades de los 9 estados nordestinos, junto con información demográfica (Censo 2010) y datos de salud sobre nacidos vivos y anomalías congénitas entre 2005-2014 (SINASC-DATASUS).El índice de isonimia registró valores excepcionalmente altos, siendo Alagoas (0,1401), Sergipe (0,1306) y Pernambuco (0,1156) los casos más extremos. Estos datos presentan un patrón espacial, cuyos Índice de Moran Global (GMI) oscilan entre 0,29 (Pernambuco) y 0,71 (Bahía)(P<0,001). El clustercon valores más altos coincide con parte de la región conocida como "Quilombo dos Palmares", el mayor conglomerado de esclavos fugitivos en América Latina. En algunos de estos municipios hay registros de clusters de enfermedades genéticas recesivas. Además, hay una correlación positiva entre el índice de isonimia y la frecuencia de nacimientos vivos con anomalías congénitas(r =0,258; P<0,001) y ambos indicadores se correlacionan espacialmente (GMI= 0,50; P<0,001).El análisis de la distribución de apellidos puede proporcionar información cuantitativa sobre la estructura genética de las poblaciones y ser una herramienta económica y eficaz para la toma de decisiones en el campo médico.