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La producción frutihorticola del Valle de Rio Negro se sustenta gracias a las obras hidráulicas integradas por canales de riego y desagüe que se distribuyen entre zonas rurales y urbanas. Desde su creación, estos dos tipos de canales, han sido invadidos por malezas acuáticas, cuya presencia se relaciona con pérdidas de eficiencia y deterioro del sistema. Las macrofitas sumergidas con frecuencia provocan los mayores perjuicios al crecer en los sistemas de conducción de agua contaminada o no. Sin embargo, en las ultimas décadas la bibliografía destaca el rol de las macrofitas vasculares a partir de los servicios ecosistémicos indirectos que ofrecen y propone eliminar el concepto negativo y coloquial de malezas ya que cada especie cumple una función en el ecosistema y puede tener gran importancia como bioacumuladoras. El objetivo del presente trabajo es analizar la distribución, determinar el valor de importancia y rol en el habitat de las macrófitas vascular sumergidas mas importante. Se realizaron 88 relevamientos florísticos en los canales de desagüe dulceacuícolas lóticos, distribuidos en 13 localidades, durante la temporada 2015-2017. Se calculó el valor de importancia por especie con Sena Kafer et. al., (2011) y su rol en el hábitat a partir de la bibliografía. Stuckenia pectinata alcanzó el mayor valor de importancia (61%) y estuvo presente en 9 de las 13 localidades, distribuidas en desagües urbanos y rurales sin una evidente preferencia. La literatura destaca a S. pectinata por su capacidad en la bioacumulacion. La amplia distribución de S. pectinata, presupone una dificultad en practicas agrícolas relacionadas con el riego. Sin embargo, no se descarta que su presencia implique un filtro natural que permitiría extraer del agua contaminada sustancias derivadas de diferentes orígenes. El potencial uso de estas plantas en el tratamiento de aguas contaminadas merece una exploración mas profunda.