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El monitoreo de la calidad del agua que se está ejecutando en la Provincia del Neuquén, realizado por la Subsecretaría de Recursos Hídricos, la Subsecretaría de Ambiente y el Ente Provincial de Aguas y Saneamiento, con la participación de la Autoridad Interjurisdiccional de las Cuencas de los Ríos Limay, Neuquén y Negro y la asistencia técnica de la Universidad Nacional del Comahue, contempla la realización de dos programas: el Programa de Monitoreo del alga invasora Didymosphenia geminata (Lyngbye) Schmidt en la Provincia del Neuquén, que consiste en un muestreo en 70 sitios distribuidos en las cuencas de los ríos Limay, Neuquén y Colorado, y el Programa de Monitoreo de la Calidad del Agua de los Embalses Los Barreales y Mari Menuco y, el tramo inferior del Río Neuquén asociado, que comprende el muestreo en 23 sitios representativos del área de estudio, seleccionados teniendo en cuenta las actividades antrópicas actuales y futuras. Ambos programas comprenden muestreos estacionales de parámetros físicos, químicos y biológicos. Desde el año 2013 se lleva a cabo el muestreo de macroinvertebrados, con el uso de red D en transectas de 100 metros y, se evalúa la calidad del agua mediante la aplicación de índices bióticos adaptados para la región. Con la información sistematizada se elaboran mapas de la calidad del recurso hídrico. Hasta la fecha se registraron 198 taxones de macroinvertebrados acuáticos destacándose, por presentar mayor riqueza taxonómica, Diptera (69), Ephemeroptera (21), Coleoptera (19), Plecoptera (17) y Trichoptera (15). De acuerdo a los índices bióticos la mayoría de los sitios reflejaron una buena a moderada calidad ecológica del agua. Estos resultados permitieron establecer una línea de base de los recursos involucrados, lo que posibilitará, ante una eventual afectación, una detección temprana y la toma de decisiones para la vigilancia ambiental de las cuencas hídricas de la Provincia.