Validación de la detección de SARS-COV-2 en pooles utilizando PCR digital.

PEREZ, MARILINA; HECKEL, SOFIA; JULIANA SESMA; PACINI, ANTONELLA; PETRELI, MARIA VICTORIA; PAREDES, FRANCO; ADRIANI, NATALIA; METZLER, PRISCILA

Congreso; XXIII Congreso y XLI Reunión Anual de la SRB; 2021

El brote de COVID-19 se ha extendido por todo el mundo y se ha convertido en unaemergencia sanitaria. El método de detección por excelencia para el diagnóstico es laPCR en tiempo real con transcripción reversa (RT-PCR). La PCR digital (ddPCR) es unatecnología altamente sensible basada en la generación de 20.000 nanogotas por tubo. Estatecnología rara vez se utiliza en los laboratorios clínicos debido a su mayor costo encomparación con la RT-PCR de tiempo real. Dado que el uso de pooles de muestrasreduce en gran medida estos costos, propusimos utilizar ddPCR para detectar el SARSCoV-2. Con este método un resultado negativo indica que no se detecta carga viral enninguno de los individuos, mientras que un resultado positivo indica que al menos en unindividuo del grupo se detecta presencia del virus. Las muestras agrupadas pueden serparticularmente útiles para las comunidades con baja prevalencia de COVID-19. Porejemplo, la detección en burbujas de lugares de trabajo, escuelas y competicionesdeportivas permitiría aislar una burbuja positiva y frenar la propagación del virus en esacomunidad. A partir de nuestros ensayos en 100 muestras negativas, determinamos unaespecificidad del 100% para la técnica. El máximo nivel de agrupamiento, osea la diluciónque puede realizarse a una muestra positiva y seguir detectándola es de 34. Esto se probóviendo que 24 replicados de pooles que estaban armados con 1 muestra positiva (ct=30)en 33 negativas dieron resultados positivos con una sensibilidad del 100%. Paradeterminar la robustez del protocolo se realizaron 20 repeticiones de muestras a las quese les hicieron pequeños cambios, como cambiar el orden de armado del pool y de laextracción, o el uso de distintos métodos de extracción, estos resultados fueronconsistentes entre sí. También probamos que las muestras de saliva pueden ser ensayadasen grupos de a 10 (probado por los mismos métodos por los cuales se analizaron loshisopados).