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Los humedales de altura brindan numerosos servicios ecosistémicos entre los que se destacan su capacidad de retener y mejorar la calidad y cantidad de agua disponible. En la Patagonia Argentina los humedales, localmente denominados mallines, constituyen tanto reservorios de biodiversidad como fuentes de recursos económicos, entre los que se destaca la producción ganadera. El objetivo de este estudio fue determinar qué factores ambientales operan como los principales determinantes de la diversidad de invertebrados acuáticos de humedales de altura (muestreando lagunas someras). Se seleccionó un total de 37 humedales de altura, 30 sitios de la cordillera de los Andes y 7 sitios en mesetas basálticas de estepa de la Patagonia. Los sitios se localizaron entre los 800 y los 2000 ms.n.m. y entre los paralelos 42° y 43° S. Los factores ambientales medidos en cada sitio y en una ocasión fueron clasificados en tres grupos: 1) locales: pH, conductividad, oxígeno disuelto, nutrientes, total de sólidos en suspensión, cobertura de plantas acuáticas, entre otros; 2) paisaje: régimen hídrico, génesis, localización en el paisaje (ej. por encima o debajo de la línea de árboles), entre otras; y 3) climáticos: precipitación media anual, temperatura media anual, radiación solar e intensidad y dirección del viento. Además, para cada sitio se hicieron muestreos cuantitativos y cualitativos de macroinvertebrados acuáticos. Las comunidades de macroinvertebrados de cordillera, en contraste con las de mesetas basálticas, resultaron ser más simples, asociadas a valores bajos de nutrientes, conductividad, temperatura del aire y cobertura de plantas acuáticas. Se pretende que este estudio sea un primer paso para la elaboración de planes de monitoreo de biodiversidad de humedales de altura, que a largo plazo permitan evaluar las respuestas de las comunidades acuáticas a los crecientes efectos del cambio climático.