La caración genómica actualizada y el análisis de evolución molecular de las cepas BF recombinantes de HIV-1 entre hombres que tienen sexo con hombres (HSH) de Argentina revela un escenario complejo

MARÍA A. PANDO; LEANDRO R.JONES; JORGE F. QUARLER; CINTIA G. CEVALLOS,; MARÍA M. AVILA

Buenos Aires

Congreso; XII Congreso Argentino de Virología; 2017

SAV/AAM

El fenómeno de recombinación es uno de los mecanismos que colabora con la diversidad del HIV-1 y favorece la generación de formas recombinantes circulantes o únicas (CRFS/URFs), las cuales pueden presentar estructuras complejas. En Argentina la epidemia de HIV-1 está principalmente representada por el subtipo B y por cepas recombinantes entre los subtipos B y F. En la población de hombres que tienen sexo con hombres (HSH) -uno de los grupos de mayor prevalencia de infección- dicha caracterización genómica fue realizada principalmente por filogenia y, desde entonces, no se ha aportado ninguna otra evidencia sobre la variabilidad genética del HIV-1 asociada con los recombinantes BF entre HSH.En este trabajo, se analizó un total de 337 secuencias de HIV-1 (25 secuencias casi completas ?NFL- y 312 secuencias parciales del gen pol) provenientes de HSH de Argentina y obtenidas durante los años 2000-2009. Las secuencias propias se alinearon con subtipos de referencia y se analizaron filogenéticamente mediante Máxima Verosimilitud. La historia evolutiva de las recombinantes BF y de secuencias de subtipo B fue estimada mediante inferencia Bayesiana usando BEAST1.7.4. El perfil de recombinación fue ensayado mediante los siguientes métodos: jumping profile Hidden Markov Model (jpHMM), recombination analysis using cost optimization (RECCO), and recombination detection program (RDP4), incluyendo Bootscaning (Simplot) para las secuencias NFL.La filogenia de las secuencias de pol, mostró que 81/312 agruparon dentro del clado BF. De ellas, 46 estuvieron cercanamente relacionadas a CRF12_BF, 14 a otras CRFs_BF (17, 28, 29, 39, 42, 44, 47) y 21 segregaron independientemente de las CRFs_BF de referencias definidas como URFs_BF. Los diferentes métodos implementados detectaron patrones de recombinación diversos. Dos de ellos, denominados A y B fueron predominantes y exhibieron un breakpoint en diferentes posiciones (3000±25 y 2461±22, respectivamente), ambos presentes en CRF12_BF. Además el breakpoint en el patrón B también está presente en CRF38_BF. El análisis filogenético y de patrones de recombinación realizado sobre secuencias NFL, permitió definir nuevos mosaicos BF. Los análisis Bayesianos realizados sobre los fragmentos B y F provenientes de las secuencias recombinantes estimaron los tiempos de coalescencia de los ancestros (tMRCAs) en ~1986 y ~1991 respectivamente, mientras que para el subtipo B el tMRCA fue estimado en ~1979.Este estudio revela, que en HSH las recombinantes BF de HIV-1 caracterizadas, presentan estructuras más complejas y heterogéneas que las descriptas hasta el momento, exhibiendo patrones de recombinación diversos que incluyen URFs_BF no reportadas, que comparten breakpoints con CRF12_BF. El análisis filodinámico evidencia que, el fenómeno de recombinación es dinámico y persistente entre HSH en Argentina, indicando la importancia de esta población en la dinámica de la epidemia de HIV-1 en Argentina.