Posible efecto de la hipertermia sobre la accesibilidad de los miRNAs celulares y virales a mRNAs implicados en infección por HIV

MORANDO N; RABINOVICH D; PANDO MA; GUZMAN L

CABA

Congreso; XII Congreso Argentino de Virología, V Simposio de Virología Clínica y III Simposio de Virología Veterinaria.; 2017

Asociación Argentina de Microbiología

Introducción La relación entre HIV y drogas de abuso (como lacocaína) es multifactorial e incluye el cambio de patrón de expresión de miRNAs(pequeños RNA regulatorios no codificantes), varios de los cuales afectan lareplicación del HIV. Diversos miRNAs celulares y virales pueden tener comoblanco mRNAs celulares involucrados en la replicación de HIV, así como mRNAsvirales. La cocaína puede a su vez inducir cambios fisiológicos comohipertermia. La accesibilidad del sitio de unión del miRNA al mRNA blanco esuno de los factores que  incrementa el efecto inhibitorio del miRNA en lasíntesis proteica. Esta accesibilidad podría verse afectada por los cambios detemperatura, induciendo cambios en la estructura secundaria del mRNA.ObjetivoEstudiar insilico el efecto de la temperatura en la estructura secundaria del mRNA yla accesibilidad de nucleótidos no apareados para la unión de los miRNAs implicadosen la replicación del HIV.MetodologíaSe buscaron en la bibliografía miRNAs celulares y virales conblancos en mRNAs celulares y/o virales. Las secuencias de los miRNAs seobtuvieron de la base de datos miRBase y los sitios blanco dentro del mRNA seidentificaron con el programa BiBiserv 2 (RNAhybrid). Las estructuras secundarias del mRNA a 37°C y 43°C, con sus respectivos valores de energía libre (ΔG), fueron predichas utilizando el programa UNAFOLD (mFold2.3). Se calculó para cada temperatura la diferenciade energía libre (ΔΔG) entre la forma más estable, donde las bases del sitio deunión al miRNA suelen estar apareadas y la forma donde las mismas se encuentranno apareadas.ResultadosSeanalizaron 48 pares miRNA-mRNA, incluyendo 22 pares miRNA celular-mRNA viral,22 miRNA celular-mRNA celular, 3 miRNA viral-mRNA viral y 1 miRNA viral-mRNAcelular. En 46 el aumento de la temperatura disminuye el ΔΔG,lo cual implicaría mayor accesibilidad al sitio blanco. Considerando solo elsitio correspondiente a la región seed  (nucleótidos 2 al 10 desde el extremo 3´ delsitio blanco del mRNA) en 35 de los 48 casos el aumento de la temperaturadisminuye el ΔΔG.En 14 casos se encontrarondiferencias en el patrón de nucleótidos apareados en el sitio de unión delmiRNA: 1 caso donde no hay un cambio neto en el número de nucleótidos noapareados, 7 donde dicho número aumenta y 6 donde disminuye. Un caso particularlo constituye el mRNA de pur-a, una proteína reguladora de lainfección por HIV en monocitos. pur-a es regulada por 6 miRNAs, paratodos los cuales elaumento de la temperatura disminuye los valores de ΔΔG, haciendo más probablela estructura más accesible al miRNA.ConclusionesLosestudios in silico sugieren que elcambio en la temperatura puede alterar la accesibilidad de los miRNAs a los mRNAque afectan la replicación del HIV. Esto podría ser relevante en pacientes conHIV en situaciones de consumo de sustancias que causan hipertermia. Además,estos hallazgos podrían aplicarse al uso de RNA interferentes  como herramienta de investigación.