Análisis de la dinámica de poblaciones del virus de la inmunodeficiencia humana tipo 1 (HIV‐1) por secuenciación de alto rendimiento (UDPS).

M. SEDE

Buenos Aires

Congreso; XI Congreso Argentino de Virología. II Congreso Latinoamericano de Virología; 2015

Sociedad Argentina de Virología

Introducción. El advenimiento de nuevas técnicas de secuenciación nucleotídica, conocidas como secuenciación de nueva generación, ha permitido la caracterización profunda de poblaciones virales dado su alto poder resolutivo. No obstante ello, el gran caudal de datos que puede obtenerse conlleva un desafío al momento de su análisis, siendo esta una limitación importante a la hora de establecer relaciones filogenéticas basados en datos obtenidos de diferentes aislamientos. Este escenario será analizado tomando como modelo el estudio longitudinal del tropismo celular del virus de la inmunodeficiencia humana (HIV) por los receptores de quimiocinas CCR5 y CXCR4 a través del análisis de las secuencias nucleotídicas parciales del gen que codifica para la glicoproteína gp120. MyMSe obtuvieron 133 muestras provenientes de 19 pacientes seguidos durante 54 a 114 meses. Las secuencias obtenidas del proceso de pirosecuenciación fueron sometidas a un exigente filtrado de acuerdo a los parámetros de calidad exhibidos. El set de datos depurados arrojó 24335 secuencias, a las cuales se les determinó el tropismo (www.genafor.org) y posteriormente se realizaron tanto análisis filogenéticos como de diversidad y variabilidad de cuasiespecies.ResultadosSi bien se observó estructura temporal en la conformación de las poblaciones, también pudo evidenciarse linajes evolucionando independientemente a lo largo de la infección, indicando un escenario complejo para la evolución de las cuasiespecies virales. Las variantes X4 estuvieron presentes en la mayoría de los pacientes, pero exhibiendo diferencias entre los pacientes e incluso en muestras intra pacientes tanto en la composición como en la predominancia de las cuasiespecies.Conclusion Las variantes X4 pueden aparecer de manera independiente en múltiples linajes a los largo de la infección por HIV. La manera en que emergen varía entre los pacientes y pareciera depender tanto de factores virales como del huésped. Además, el análisis sugiere que variantes X4 en proporciones minoritarias podrían estar presentes en estadios tempranos de la infección, mucho antes de convertirse en dominantes.