Utilización de potenciales de fuerza media y algoritmo genético para la búsqueda de la secuencia nativa de una proteína globular

RENZI, D.G.; STOICO, C.O.; CARLEVARO, C.M.; VERICAT, F.

Villa Carlos Paz

Congreso; 97 Reunión Nacional de la Asociación Física Argentina; 2012

Uno de los grandes problemas abiertos en el campo de la biología molecular, consiste en predecir la estructura nativa de una proteína a partir de su secuencia de aminoácidos, bajo condiciones fisiológicas normales. Conocer este código permitiría diseñar una secuencia de aminoácidos cuya conformación nativa sirva para cumplir con alguna función específica. Desde un punto de vista físico, nos proponemos encontrar la secuencia de aminoácidos que posee la energía más baja para una determinada estructura. Desde hace algunos años, los algoritmos evolutivos, en particular los algoritmos genéticos, han sido ampliamente utilizados y adaptados para resolver o abordar problemas de diversas disciplinas relacionados con la búsqueda u optimización de una solución, dentro de un dado espacio de posibles soluciones. Para esto, es necesario contar con una ?función de ajuste?, que en nuestro caso, utiliza potenciales de fuerza media que representan las interacciones entre pares de aminoácidos, calculados en un trabajo anterior. En todos los cálculos utilizamos estructuras cristalizadas de proteínas, tomadas de: http://www.rcsb.org.