DESARROLLO DE MARCADORES EST-SSR EN PASPALUM NOTATUM A PARTIR DE BASES DE DATOS PÚBLICAS DE ARROZ Y MAÍZ

SIENA, L.A.; FELITTI, S.A.; ORTIZ, J.P.A.

Bolsa de Comercio, Rosario

Congreso; VII Simposio Nacional de Biotecnología REDBIO-Argentina y II Congreso Internacional de Biotecnología Vegetal.; 2009

REDBIO, Argentina

A partir los proyectos genómicos de secuenciación en vegetales se han desarrollado los marcadores EST-SSR. Los mismos corresponden a secuencias expresadas que contienen repeticiones de nucleótidos cortas internas. Los EST-SSR han demostrado tener una buena capacidad para detectar polimorfismos y una alta frecuencia de transferencia entre especies. Estas características hacen que sean especialmente útiles en estudios de mapeo comparativo. El objetivo de este trabajo fue desarrollar marcadores EST-SSR en P. notatum a partir de datos públicos de arroz y maíz. Se seleccionaron 49 marcadores de las bases Ksum y cnl (Cornell University) distribuidos uniformemente en el genoma de arroz. Como primer paso, la secuencia de cada marcador se mapeó in sílico en el programa Gramene (www.gramene.org) para verificar la presencia y localización de secuencias homeólogas en maíz y trigo. Posteriormente se sintetizaron oligonucleótidos correspondientes a cada extremo y se amplificaron sobre el ADN de P. notatum. Hasta el momento 12 marcadores fueron ensayados en los genotipos tetraploides Q4188 y Q4117. En promedio se obtuvieron 30 bandas de entre 800 y 120 pb y 6 fragmentos polimórficos por marcador. Varios amplicones del tamaño esperado fueron clonados y secuenciados a fin de determinar su identidad. Cinco marcadores segregantes 1:1 por presencia/ausencia fueron mapeados en una población segregante del tipo F1 derivada de los genotipos anteriores y localizados en el mapa genético de la especie. Estos resultados demuestran que es posible desarrollar un conjunto de marcadores EST-SSR de P. notatum a partir de bases públicas y utilizarlos en experimentos de mapeo comparativo.