PATRÓN DE EXPRESIÓN DE GENES CANDIDATOS ASOCIADOS A PRECOCIDAD INTRÍNSECA, EN EL CROMOSOMA 5D DE TRIGO PAN

POZZI, FLORENCIA I.; GHIONE, CELINA E.; HELGUERA, MARCELO; LOMBARDO, LUCIO A.; FELITTI, SILVINA A.

Rosario

Congreso; XXIV Congreso y la XLII Reunión Anual de la Sociedad de Biología de Rosario; 2022

Sociedad de Biología de Rosario

En trigo pan, la precocidad intrínseca (EPS) puede ser definida como la variación residual en el tiempo de floración una vez satisfechos los requerimientos de fotoperíodo y vernalización. Se ha demostrado que los genes de Eps pueden afectar el rendimiento de dicho cereal de invierno. El mapeo de EPS en cinco ambientes reveló la existencia de un loci de caracteres cuantitativos (QTL) inédito QEps.imj-5D1 ubicado en el cromosoma 5D, en donde la región de mayor probabilidad de encontrar el gen candidato tiene un tamaño de 26,25Mb con 391 genes anotados.En un trabajo previo realizado a partir de la secuenciación del exoma completo (MyBaits® expert panel-Arbor Biosciences) de los cultivares parentales BioINTA 2001 (precoz) y Baguette Premium 11 (tardío) de fenotipos contrastantes para EPS, se detectaron 4 genes candidatos: TraesCS5D01G362700, TraesCS5D01G380900, TraesCS5D01G393200 y TraesCS5D01G401000. Actualmente, el desarrollo de atlas de expresión génica en trigo permite acceder a información sobre la expresión de genes en diferentes circunstancias. A su vez, se puede obtener una lista reducida de genes candidatos dentro de un intervalo de mapeo utilizando los patrones de expresión de estos genes. A partir de los resultados obtenidos en trabajos previos y de la disponibilidad de los atlas de expresión, se planteó como objetivo del presente trabajo: analizar los patrones de expresión de los 4 genes candidatos mediante la utilización de distintos navegadores de expresión en trigo, a fin de evaluar el desarrollo de marcadores moleculares para validar el set de genes candidatos propuestos para QEps.imj-5D1. Para realizar el análisis de expresión de los genes candidatos se utilizaron los navegadores de expresión: 1)- expVIP (http://www.wheat-expression.com/): Contiene datos de 32 estudios (1145 muestras de RNA-Seq). Durante el uso de dicha herramienta se indicó la generación de un mapa de calor a partir de la utilización de un análisis de genes múltiples (contrastando los 4 genes candidatos). Se seleccionaron como estudios a considerar en el análisis, aquellos que estaban relacionados con las distintas etapas fenológicas del trigo, sin considerar estudios relacionados con la inoculación de fitopatógenos de trigo, como Fusarium. 2)- Wheat eFP (http://bar.utoronto.ca/efp_wheat/cgi-bin/efpWeb.cgi): Contiene datos de expresión génica de 15 etapas de desarrollo y 71 tejidos. Para el uso de esta herramienta se indicó el ID del gen candidato a evaluar. A partir de los resultados del análisis de los patrones de expresión se pudo determinar que los genes candidatos más interesantes para desarrollar marcadores moleculares y su posterior validación en experimentos de expresión génica son los genes con ID: TraesCS5D01G380900 y TraesCS5D01G401000. El primero muestra un patrón de incremento de la expresión que alcanza un nivel máximo en la espiga/etapa reproductiva, mientras que el segundo mantiene niveles elevados de expresión hasta la espiga/etapa reproductiva para luego disminuir abruptamente su nivel de expresión.