Distancias semánticas para la inferencia en la ontología de genes

LOPEZ, T.; MILONE, D.H.; DI PERSIA, L. E.

Congreso; VIII Congreso de Matemática Aplicada, Computacional e Industrial; 2021

Las medidas de similaridad semántica en la ontología de genes se utilizan para la inferencia de nuevas funciones en genes desconocidos. Las medidas clásicas están basadas en la frecuencia de anotación de términos y en ciertos aspectos son inconsistentes con las propiedades básicas de una distancia. En este trabajo proponemos nuevas medidas que incorporan la estructura del grafo de la ontología, a partir de la transformada de Fourier de las señales en el grafo y los caminos entre términos. Evaluamos el desempeño de las medidas calculando la distancia de genes en una sub-ontología sencilla y prediciendo funciones de genes con un enfoque Bayesiano. Las medidas propuestas son consistentes y obtienen mejores resultados en la inferencia, en donde se destaca la basada en Fourier.