Detección e identificación de Pseudomonas por amplificación de genes 16S rRNA mediante PCR de alta especificidad

SMANIA ANDREA M.; MONTI MARIELA R.; PEZZA ROBERTO; ARGARAÑA CARLOS E.

Mendoza-Argentina

Congreso; XXXIV Reunión Anual de SAIB; 1998

Sociedad Argentina de Investigación en Bioquímica y Biología Molecular

Las especies del género Pseudomonas son conocidos patógenos de plantas, animales y humanos. Asimismo, expresan una amplia versatilidad metabólica lo que les confiere un alto valor en distintos procesos biotecnológicos y de biorremediación. De este modo, el estudio de estos microorganismos requiere de métodos de detección, identificación y seguimientos altamente específicos y de la mayor simpleza y reproducibilidad. Para esto, el objetivo de este trabajo fue utilizar y optimizar un ensayo que incluye amplificación por PCR y distintos análisis de patrones de restricción, utilizando primers altamente específicos que permiten amplificar un fragmento de 900pb del gen 16S rRNA de Pseudomonas. El método fue utilizado para amplificar en forma selectiva dos cepas de P. aeruginosa y una de P. fluorescens aisladas de suelos contaminados y caracterizadas en nuestro laboratorio por su capacidad de degradar distintos hidrocarburos. Asimismo, se utilizaron cepas de P. syringae patógenas de plantas. Como control de especificidad se utilizaron cepas de E. coli y en todos los casos se realizaron amplificaciones del mismo fragmento del gen 16S rRNA pero utilizando primers universales. Con los productos de amplificación obtenidos se realizaron y actualmente se están optimizando, distintos análisis con enzimas de restricción así como de formación de heteroduplex con el propósito de generar patrones distintivos que permitan una identificación simple de Pseudomonas a nivel de cepas. Dada la alta especificidad y selectividad de esta metodología se planea realizar un relevamiento de especies de Pseudomonas en distintas muestras ambientales contaminadas con compuestos de interés para su biodegradación. Igualmente, se intentará utilizar este método para determinar presencia de P. aeruginosa en muestras provenientes de pacientes con Fibrosis Quística.