DETECCIÓN DE NUEVO LINAJE E INTEGRASA DE INTEGRÓN A PARTIR DEL ANÁLISIS GENÓMICO DE Pseudomonas SP. CA10SN1

CENTRÓN D; ALONSO FM; QUIROGA MP; CHAMOSA LS

Mar del Plata

Congreso; IV Congreso Argentino de Microbiología Agrícola y Ambiental - I Jornada de Microbiología General; 2018

Asociación Argentina de Microbiología

Pseudomonas es un género de gran éxito evolutivo, favorecido por su gran capacidad de adaptación tanto a nichos ambientales como clínicos. La taxonomía del género ha avanzado en conjunto con la disponibilidad de nuevas metodologías de secuenciación y análisis. En este trabajo nos proponemos realizar un estudio genómico y filogenético de la cepa Pseudomonas sp. Ca10SN1 con énfasis en las principales características asociadas a la Transferencia Horizontal Genética y resistencia antibiótica. Este aislamiento fue obtenido y cultivado in situ en agar nutritivo a partir de una muestra de sedimento en cercanías al Rio Rincón (S 27º 37.999´; W 68º 14.300´ y 3789 msnm) provincia de Catamarca, Argentina. Se determinaron las condiciones de crecimiento óptimas a 28°C durante 24 hs en agar y caldo Mueller Hinton. Se realizó un antibiograma siguiendo los lineamientos del EUCAST para el género el cual mostró halos de alta sensibilidad (>30mm) para todos los antibióticos probados. Se secuenció el genoma completo mediante lllumina MySeq que se ensambló iterativamente (2656330 lecturas crudas y 121 contigs post ensamblado). Por otro lado,seanalizó el genoma con RAST (Rapid Annotation using Subsystem Technology), IntegronFinder y PHAST .De acuerdo a los 23 organismos más relacionados a Ca10SN1, según la base de datos del RAST y sumando cepas de referencia, se realizó un Multilocus Sequence Analysis (MLSA). Para ello, se concatenaron los genes housekeeping 16S, gyrB, rpoD y rpoB y se realizó un árbol filogenético usando MEGA 7. Para determinar la proximidad entre especies se calculó la identidad promedio de nucleótidos (ANI, Average Nucleotide Identity) utilizando JSpeciesWS. Filogenéticamente, Pseudomonas sp. Ca10SN1 se agrupa de forma aislada respecto al conjunto de las cepas analizadas, la ANI respecto a la cepa más cercana (Pseudomonas mendocina ymp) fue de 79,01±2,24 (corte: 95%). Se detectóuna nueva integrasa de integrón (intIPsca) con motivo ALRR. Además, se identificaron 19 CALIN´s (clusters of attC sites lacking integron-integrases) insertos en 13 sitios a lo largo del cromosoma, y 1 profago lambda completo. Las herramientas usadas han demostrado ser confiables para la delineación de especies y la identificación de cepas en Pseudomonas spp. El conjunto de los resultados obtenidos no solo sugiere que Pseudomonas sp.Ca10SN1 pertenece a un nuevo linaje de Pseudomonas, sino que también evidencian la diversidad de nuevas integrasas de integrón de origen ambiental.