Características del gen intI1 que permiten su adaptación al nicho humano

ÁLVAREZ VE; CASSINI MH; IRIARTE A; CHAMOSA LS; CENTRÓN D

Mar del Plata

Congreso; IV Congreso Argentino de Microbiología Agrícola y Ambiental - I Jornada de Microbiología General; 2018

Asociación Argentina de Microbiología

Los integrones de clase 1 son el mecanismo de transferencia horizontal de resistencia antibiótica más exitoso en cepas clínicas Gram-negativas. El objetivo de este trabajo fue identificar los aspectos genéticos de la diseminación global del gen intI1 en diferentes nichos y su adaptación al humano.Se buscaron alelos de intI1 con Blastn (Query AF313471). Se analizó procedencia, grado de impacto antrópico, taxa, presencia de Tn402 y fuerza promotora de los alelos. Se buscaron SNPs (SNP-sites 2.3.3) y se realizó filogenia por máxima verosimilitud (MEGA 7). Se anotó el hábitat de 2978 genomas bacterianos (GenBank, BacMap) y se calculó el índice de adaptación decodones ?CAI? (EMBOSS). Se estudió el mantenimiento de intI1 (1, 7 y 30 días) en 3 experimentos independientes con subcultivos diarios de 100 µl de inóculo en 1,9 ml de caldo LB para 4 cepas clínicas intI1 positivas: Klebsiella pneumoniae 666,Serratia marcescens 909, Pseudomonasaeruginosa TFQ1 y Acinetobacter baumannii 144; y 4 cepas ambientales: Rahnella aqualitis 9AL34, Pseudomonas antarctica 1SL5, Escherichiacoli 4IgSN1, y Acinetobacter 1IgSN3. Se realizaron colony-PCR, PCR de los subcultivos y secuenciación. Se hallaron 90 alelos de intI1, 37 ambientales, 44 clínicos y 9 de ambos nichos ("multi-hábitat"). 4 alelos "multi-hábitat"(AF313471.1, AY509004.1, KF040452.1, KJ186152.1) tenían una frecuencia mayor al 20%. El 73,3% eran alelos únicos. Se encontraron 187 SNPs a lo largo de intI1. Se observó una alta similitud entre el CAI de intI1 y de especies bacterianas procedentes de agua marina y dulce, suelo, extremófilos, tractogastrointestinal, cavidad oral y patógenos humanos (CAI > 0.7). No se observaron mutaciones en las 4 cepas clínicas (día 30),mientras que las cepas ambientales evidenciaron una pérdida brusca de intI1 (día 1). Al día 30 se observó la deleción de intI1 en 4IgSN1 y 1IgSN3 (573bp y 710 bp, respectivamente) al realizar colony-PCR. Se hallaron los 900 pb de intI1 en 4IgSN1 y 1SL5 sin mutaciones, al realizar PCR de una alícuota de los subcultivos del día 30, sugiriendo que intI1 se mantiene y trasmite verticalmente en cepas clínicas, pero en cepas ambientales sólo se logra un mantenimiento a nivel poblacional.Los resultados evidencian un flujo dinámico de los alelos de intI1 en particular en nichos humanos (tractooral y gastrointestinal y cepas patógenas) que han permitido probablemente su expansión desde la aparición de los seres humanos especialmente desde la era antibiótica.