Análisis genómico de una cepa del género Enterococcus con fenotipo de multiresistencia antibiótica, aislada de un ambiente hortícola

ALVAREZ, VERONICA; QUIROGA, MARÍA PAULA; PRACK MC CORMICK, BARBARA P; SOKOLOWSKI, ANA CLARA; CENTRÓN, DANIELA; KNECHT, CAMILA; DONIS, NICOLAS

Buenos Aires

Jornada; II Jornadas de Microbiología Celular y Molecular; 2021

Asociación argentina de microbiología (AAM)

El uso indiscriminado de antibióticos en producción animal está relacionado con el desarrollo yla propagación de bacterias resistentes a antibióticos (BRA). En el cinturón verde bonaerense,la horticultura representa la principal actividad productiva y es uno de los destinos de la camade pollo (excretas avícolas y, aserrín o cascara de girasol), el principal residuo de la producciónavícola de la zona. En trabajos previos, la cama de pollo fue identificada como un puntocaliente a estudiar en la diseminación de BRA en el ambiente hortícola, por poseer altadensidad bacteriana, disponibilidad de nutrientes y presión de selección. En el marco de unproyecto de vigilancia de la diseminación de la resistencia antibiótica en el ambiente hortícola,se tomaron muestras de, (1) la cama de pollo utilizada como abono y, (2) el suelo deinvernaderos con cultivo de lechuga, pertenecientes a 5 establecimientos hortícolas delcinturón verde bonaerense. Para el muestreo se realizaron hisopados seguidos de cultivo enplaca de Petri con selección antibiótica (meropenem, cefotaxima ó colistina). Una vezobtenidas las colonias aisladas, las cepas fueron identificadas (secuenciación por Sanger) y seles determinó la resistencia antibiótica (método de Kirby-Bauer). Entre las bacterias aisladas dela cama de pollo bajo selección con meropenem se obtuvo una cepa del género Enterococcussensible fenotípicamente a glicopeptidos (vancomicina y teicoplanina) pero resistente a 5grupos de antibióticos: penicilinas (penicilina y ampicilina), macrólidos (eritromicina),tetraciclinas (tetraciclina), fluoroquinolonas (ciprofloxacina) y fosfonatos (fosfomicina). Estacepa fue seleccionada para ser secuenciada utilizando la tecnología MySeq Illumina. Elensamblado y posterior análisis por Bioinformática reveló que se trata de una nueva especiedel género Enterococcus con 71% de identidad con E. faecium. Al analizar el genoma porResFinder y CARD, encontramos que la cepa posee 10 genes de resistencia a antibióticos. Entreellos, aadE, efmA, erm(B), lsa(E), lnu(B), tet(L) se presentan con 100% de identidad respecto aGRA ya descriptos, y los genes aac(6')-Ii, eatAv, tet(M) y la mutante de liaS que confiereresistencia a daptomicina, con identidad superior a 96%. En Enterococcus faecium, lsa(E) ylnu(B) son genes presentes en plásmidos y, en la cepa descripta, van acompañados de spw,aadE y un fragmento de la secuencia de inserción IS1216, formando un clúster demultirresistencia a antimicrobianos reportado previamente con alta similitud en los génerosEnterococcus, Staphylococcus, Listeria. La presencia de un clúster que incluye genes quepueden conferir resistencia a diferentes clases de antimicrobianos, es altamente preocupante,ya que el uso de cualquier miembro de estas clases proporcionará una presión de selecciónpara el mantenimiento y potencial diseminación de este clúster.El uso de abonos de origen animal es una práctica que mejora la condición física, química ybiológica del suelo, y permite cerrar el ciclo de los nutrientes para un desarrollo sostenible. Sinembargo, la presión antimicrobiana presente durante la cría intensiva de animales sumada aun tratamiento inadecuado de las excretas, puede transformarlas en potenciales vehículos para la diseminación de patógenos con multirresistencia antibiótica, hacia los ambienteshortícolas.