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El presente trabajo tiene como objetivo contribuir al conocimiento de la historia poblacional de La Esperanza, Jujuy, en base al estudio de la diversidad y distribución relativa de linajes del ADN mitocondrial, sobre una muestra poblacional de 94 personas. Se analizaron las afinidades genéticas entre los linajes maternos encontrados en La Esperanza y 43 poblaciones sudamericanas a partir de datos tomados de la bibliografía. Los resultados muestran que los linajes nativos americanos constituyen el 100% de la muestra, siendo B2 el haplogrupo más frecuente (45%), seguido de D1, A2 y C1 con una contribución del 22%, 17% y 16%, respectivamente. Por último, un solo individuo presentó el linaje D4h3a. El análisis de distancias interpoblacionales revela bajos valores de distancia con las muestras Quechua de Huancavelica, Avá Guaraní y Pilagá. El análisis discriminante ubicó a la muestra de La Esperanza en el grupo Chaco, tanto cuando se la asignó a los grupos Chaco o Noroeste argentino, como cuando no se asignó previamente ningún grupo. En general, el análisis discriminante muestra un alto porcentaje de correcta clasificación de las poblaciones en los grupos en los que fueron asignadas inicialmente, lo que refleja la fuerte estructura geográfica de la variación genética. El análisis filogeográfico reveló vínculos genéticos con otras poblaciones del Noroeste argentino, particularmente de Jujuy y Salta y, en menor medida, con poblaciones del Gran Chaco. Los resultados obtenidos a partir de esta investigación reflejan la historia de una población surgida principalmente en torno al ingenio azucarero y a partir del aporte migratorio desde regiones vecinas de Argentina y países limítrofes, hecho que aseguró la disponibilidad de mano de obra a través del tiempo y condujo a la formación de una población con gran diversidad genética.