Detección molecular de SARS-CoV-2 sin extracción de RNA: evaluación del reactivo comercial Flashprep®.

ROBERTINO GIEROTTO, GONZALO CASTRO, PAOLA SICILIA, MARÍA GABRIELA BARBÁS, MARÍA BELÉN PISANO, ; VIVIANA E. RÉ

Congreso; XIII Congreso Argentino de Virología.; 2021

Sociedad Argentina de Virologia

La RT-PCR en tiempo real es la técnica de referencia para el diagnóstico de infección por SARS-CoV-2, la cual requiere un paso previo de extracción de RNA. Durante la pandemia actual, a fin de contar con mayor disponibilidad de metodologías para el diagnóstico y testeo masivo, se desarrollaron reactivos y estrategias para evitar o simplificar este paso. Uno de ellos es el reactivo comercial FlashPrep® RNA SARS-CoV-2 (Inbio Highway, Argentina). El objetivo fue evaluar el reactivo FlashPrep®. Se utilizó un panel de 74 muestras de hisopados orofaríngeos en solución fisiológica previamente testeadas para SARS-CoV-2 utilizando el kit de extracción Maga Bio plus Virus RNA Purification Kit II (BioFlux) seguido de amplificación por RT-PCR en tiempo real con el kit DisCoVery (Transgen Biotech) [muestras positivas n=58, con Cts para el gen N: 30 (n=12); muestras negativas n=16]. Se incubaron 90µL de cada muestra con 10µL del reactivo FlashPrep® 15 min a 55°C seguidos de 5 min a 98°C. Luego, 8µL (según lo sugerido por el fabricante) y 5µL (protocolo modificado) del RNA obtenido fueron usados en paralelo para detección viral por RT-PCR en tiempo real con el kit DisCoVery.Se observó excelente correlación entre los Cts obtenidos utilizando el reactivo FlashPrep® y los previamente hallados utilizando extracción clásica seguida de RT-PCR en tiempo real, tanto partiendo de 5µL de RNA (ΔCt=0,2; rango=0,1-5,7) como partiendo de 8µL (ΔCt=0,7, rango=0-6,1). Al comparar los resultados obtenidos usando los 2 volúmenes de partida, se registró una alta similitud en los Cts (rango=0-1,5). El reactivo FlashPrep® resultó adecuado para la detección directa del RNA de SARS-CoV-2 a partir de muestras en solución fisiológica, con una excelente performance, posicionándolo como una alternativa diagnóstica en ámbitos en los que no se cuenta con equipamiento y/o reactivos para extracción convencional de ácidos nucleicos o se requiere aumentar la capacidad de procesamiento.