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El género de peces anuales Austrolebias está compuesto por más de 40 especies. Su monofilia está soportada por caracteres morfológicos (Costa, 2006) y de ADN mitocondrial (citocromo b; García, et al. 2014). Austrolebias fue descripto en base a un conjunto de especies previamente asignadas dentro del género Cynolebias (Costa, 1998). Posteriormente, las especies del género Megalebias, también escindido de Cynolebias por Costa (1998), fueron incluidas en Austrolebias (Costa 2006). A pesar de que su monofilia esta soportada por diferentes conjuntos de caracteres, las relaciones de parentesco dentro del género no están claras, difiriendo el árbol morfológico del mitocondrial en varios aspectos, tanto en la relación entre diferentes clados como dentro de los mismos. En este trabajo analizamos la filogenia del género Austrolebias utilizando un marcador mitocondrial (16s) y dos nucleares (RAG1, GLYT), utilizando 43 especies del género y 13 grupos externos representantes de los grandes clados de Rivulidae. Los árboles fueron construidos mediante análisis Bayesiano con el programa MrBayes. Se construyeron un árbol por cada secuencia y uno con las tres secuencias concatenadas (total 1900 pares de bases). El árbol concatenado resultante cuestiona la monofilia del género Austrolebias al ubicar a A. nigripinnis en una politomia basal junto con Cynolebias, Hypsolebias, Simpsonichthys, Spectrolebias y el resto de Austrolebias. Por otra parte, la topología dentro del género difiere de las hipótesis previas, cuestionando la monofilia de varios subclados propuestos previamente tanto con caracteres morfológicos y como con citocromo b. Sin embargo, los árboles de las secuencias mitocondrial y nucleares analizadas por separado difirieren en su topología, lo cual podría estar indicando eventos de introgresión. Estos resultados indican que la filogenia de este género no está aún resuelta y que la resolución depende de la inclusión de mayor cantidad de marcadores y de un mayor número de especies de otros géneros emparentados.