Identificación directa en esputo de dos cepas de Mycobacterium tuberculosis multirresistente exitosas en Argentina

MONTESERIN J; PÉREZ-LAGO L; MATTEO M ; FAJARDO S; ARMITANO R; WAINMAYER I; YOKOBORI N; PAUL R; SIMBOLI N; LÓPEZ B; GARCÍA DE VIEDMA D; RITACCO V

Buenos Aires

Congreso; XV Congreso Argentino de Microbiología (CAM 2019); 2019

Asociación Argentina de Microbiología

En Argentina, la tuberculosis multirresistente (TB-MDR) ha sido gobernada durante décadas por dos cepas de brote del linaje euroamericano: la cepa M (sublinaje 4.1) que circula en el área metropolitana de Buenos Aires y la cepa Ra (sublinaje 4.3) que circula en Rosario. Desde su emergencia tienen perfiles de resistencia característicos: M es pre-extremadamente resistente y Ra suele tener resistencia adicional sólo a pirazinamida. Hasta 2009, juntas representaban ≥40% de los casos de TB-MDR del país. Para contribuir a su control diseñamos dos PCRs alelo-específica (TRAPs) usando SNPs específicos de cada cepa identificados mediante análisis bioinformático de sus secuencias genómicas completas. En estudios previos validamos las TRAPs con DNAs de genotipo conocido y mediante su aplicación a aislamientos de colección demostramos la reciente declinación de M y la persistencia de Ra en sus respectivos nichos. Presentamos aquí una evaluación preliminar del desempeño de las TRAPs aplicadas directamente a esputos baciloscopia (BK) positiva de pacientes en riesgo de MDR-TB. Exploramos la presencia de M en 202 esputos de Buenos Aires (Hospitales Muñiz y Piñero) 2017-2019 y la de Ra en 55 esputos derivados al CREBioT de Rosario 2017-2018, todos decontaminados por el método de Petroff modificado. Purificamos el ADN mediante columnas comerciales. Separamos los productos de PCR por electroforesis en gel de agarosa al 2% y clasificamos los patrones de bandas como M o no M y Ra o no Ra. Observamos amplificación en 124 (61.4%) esputos de Buenos Aires (29.4% de los BK1+ y 59.6% de los BK≥2+); identificamos patrón M en 2 y patrón no M en 120. De los 124 esputos con amplificación detectable; 2 presentaron amplificación inespecífica. Observamos amplificación en 36 (65.5%) esputos de Rosario (50.0% de los BK1+ y 71.9% de los BK≥2+); identificamos patrón Ra en 7 y patrón no Ra en 29 de los 36 esputos con amplificación detectable. Si bien la muestra no fue sistemática ni exhaustiva, estos resultados coinciden con nuestras observaciones previas sobre la declinación de M y la persistencia de Ra.Esta metodología ad hoc rápida y de bajo costo permitió identificar las dos cepas de TB-MDR predominantes en Argentina directamente a partir de esputo. Aún es necesario optimizar las pruebas para aumentar su sensibilidad analítica en especímenes clínicos. La sencillez de la propuesta la vuelve atractiva, sobre todo en medios epidemiológicos críticos como hospitales de referencia y cárceles donde el riesgo de contraer TB-MDR por estas cepas es mayor. Su aplicación directa a especímenes respiratorios permitiría diagnosticar MDR-TB por cepa epidémica, realizar control de foco e instaurar en forma inmediata un tratamiento empírico racional a la espera de resultados de las pruebas de sensibilidad. Financiación: ERANET-LAC (AC16/00057;ELAC2015/T08-0664). ISCIII (AC16/00057; FIS15/01554;18/00599). Contrato CP15/00075 a LPL.