Detección temprana y eficiente de variantes Delta y Ómicron de SARS- Cov- 2 COVID-19 mediante tamizaje por RT-qPCR

MANZUR MARÍA JIMENA; CAMPOS LUDMILA; JURI AYUB MAXIMILIANO; LEPORATI MARIANELA; ARIAS JOSÉ LUIS

Bioquímica y patología clínica

Revista de la Asociación Bioquímica Argentina

Lugar: Buenos Aires; Año: 2022 vol. 86 p. 33 - 38

1515-6761

Introducción: Durante la pandemia de enfermedad por coronavirus de 2019 (COVID-19, por sus siglas en inglés), el surgimiento de las llamadas variantes de preocupación ha sido un problema recurrente. La secuenciación genómica es la herramienta de referencia para la identificación de nuevas variantes, así como paradetectar la circulación de las ya conocidas. Sin embargo, la capacidad del sistema de vigilancia genómica eslimitada y se requieren estrategias de tamizaje previo para la selección de muestras. Objetivos: Diseñar, validary aplicar estrategias de transcripción reversa acoplada a reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa (RTqPCR, por sus siglas en inglés) para el tamizaje de variantes delta, ómicron y la emergencia de posibles nuevasvariantes. Materiales y Métodos: Se diseñaron oligonucleótidos específicos (primers y sondas) que permitendiscriminar entre las diferentes variantes de SARS-Cov-2, al hibridar con regiones correspondientes a deleciones específicas. Se emplearon ensayos de amplificación y melting de sondas fluorescentes y se validaron conmuestras de diferentes variantes de preocupación. Resultados: Los ensayos permitieron identificar variantesde preocupación de manera rápida y eficiente, empleando metodologías estándar en laboratorios de diagnóstico molecular. La asignación de variantes con este método coincidió completamente con los datos provenientesde la secuenciación. Conclusiones: Los protocolos validados en este trabajo posibilitaron la detección temprana de variantes delta y ómicron en la provincia de San Luis, así como en otras jurisdicciones donde se transfirióla metodología.