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Las actividades industriales, agrícolas y urbanas pueden ser fuentes de contaminación. El río Conlara ubicado en el noreste de la provincia de San Luis, atraviesa zonas urbanas y agroindustriales. Se efectuaron 2 campañas de muestreos, con 5 sitios (S1 a S5), donde se determinaron 13 parámetros físico-químicos y 10 metales pesados, 17 pesticidas en agua; y 5 biomarcadores de estrés a distintos niveles de organización biológica (individual, fisiológicos y citológico) en el pez bioindicador Jenynsia multidentata. En el análisis exploratorio de datos se utilizaron técnicas de análisis multivariado. Entre los parámetros físico-químicos, destaca el aumento de la concentración salina, metales y herbicidas a medida que avanza el curso de agua. Los valores de concentración de metales, estuvieron dentro de los valores permitidos, excepto para un solo sitio, que excedió los valores de Pb. Los biomarcadores mostraron un significativo aumento con alteraciones en las respuestas fisiológicas y citológicas. Del análisis de componentes principales; se observó que los dos primeros componentes explican el 80,3% de la variabilidad total (CP1= 57 % y CP2= 23,3 %). Con el fin de establecer similitudes entre los sitios, se realizó un análisis de conglomerados. El área de estudio pudo clasificarse en dos clústeres bien definidos. El primer cluster estuvo formado por los sitios S1 a S3; y el segundo clúster por S4 y S5. Las diferencias de distancias entre los subgrupos se debieron a diferencias en los niveles de concentración de los diferentes metales, pesticidas y biomarcadores.