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Los ecosistemas acuáticos y en particular los ríos, cumplen funciones ecológicas de gran beneficio para el ser humano. La producción de desechos residenciales, industriales y aguas residuales urbanas pueden tener un impacto significativo sobre la sostenibilidad de los recursos [1]. Los sedimentos revelan una alta propensión a acumular y eventualmente integrar, a través del tiempo, la presencia de elementos vestigio en agua. Por lo tanto, permiten la evaluación de los niveles de metales ambientales, incluso si las concentraciones en agua son casi indetectables [2]. El objetivo de este trabajo fue evaluar la calidad del agua y sedimento en sitios alterados por diferentes grados de intervención humana en el cauce principal del río San Luis, durante su recorrido por la localidad de Juana Koslay y la ciudad Capital. En ese trayecto, tanto en el río como en las márgenes del mismo, se realizan actividades recreativas. Además, es utilizado como receptor del sistema de drenaje pluvial y algunos efluentes líquidos; incluso se encuentran en su cercanías basurales a cielo abierto. Durante 2015 y 2016 se analizaron los siguientes parámetros en agua: pH, temperatura, conductividad, sólidos suspendidos, oxígeno disuelto, materia orgánica, fósforo, calcio, magnesio, y metales tales como cobre, cadmio, níquel, cromo, plomo, de acuerdo a las metodologías sugeridas por APHA, 2005 [3]. En sedimento de ribera los metales fueron analizados mediante fluorescencia de rayos X (FRX). Se observó variaciones estadísticamente significativas en las concentraciones de metales en agua y sedimento, siendo mayores en sitios próximos al dique; luego estos valores disminuyeron río abajo. Fósforo, presentó una tendencia similar. En agua, el Cr, presentó valores superiores 2 ug/L.