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El crecimiento poblacional y el aumento de las demandas de agua para actividades productivas, a menudo resulta en la necesidad de regulación hídrica a través la construcción de embalses y presas. Esta transformación de un ambiente lótico a léntico o semiléntico modifica una amplia gama de factores bióticos y abióticos en los ecosistemas, y se considera uno de los impactos antropogénicos más significativos en los ríos a nivel mundial. San Luis, provincia ubicada en centro de Argentina, es una región que debido a su naturaleza semiárida, ha visto condicionado su crecimiento socioeconómico a la disponibilidad del agua, resultando en el desarrollo de una política hídrica focalizada en la generación de reservas hídricas. El objetivo de este trabajo fue evaluar el efecto de la regulación del caudal sobre la calidad físico-química de arroyos serranos de San Luis. Para este estudio se seleccionaron 13 embalses, donde se establecieron 2 sitios de muestreo, un sitio de referencia río arriba del embalse y un sitio ubicado río abajo. Se analizaron 24 parámetros de calidad de agua y se calculó un Índice Simplificado de Calidad del Agua (ISQA). Se aplicó el análisis de Mann Whitney para pares de comparaciones antes y después de la presa. Diez de los 13 embalses estudiados mostraron una disminución en la calidad del agua, con aumentos significativos (p< 0,05) en parámetros tales como: conductividad, sólidos totales disueltos, sólidos en suspensión totales, turbidez, color, calcio, magnesio y sodio; mientras que, cloruro, fósforo y amonio mostraron una tendencia, aunque no significativa, a aumentar aguas abajo (p=0,07). Los valores del ISQA no difirieron entre sitios antes y después de la presa (p=0,11); sin embargo, el puntaje/calificación en cuanto a calidad y los posibles usos del agua de los tramos estudiados, disminuyó río abajo en seis de los embalses, se mantuvo constante en cinco (clasificando como apta para todos los usos) y sólo en uno la calidad del agua mejoró. Estos análisis exploratorios permiten visualizar la complejidad, en cuanto al grado y la direccionalidad del efecto que puede tener la transformación de arroyos con regímenes naturales a sistemas regulados. Los resultados de este trabajo, como parte de un estudio de indicadores múltiples de calidad físico-química y biológica, podrán ser utilizados por los tomadores de decisiones para mejorar la gestión de los recursos hídricos regulados de la región.