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Los hongos comestibles constituyen un recurso no maderable importante en los mercados internacionales, tal como ocurre con Morchella spp. (morilla) y Rhizopogon roseolus. Los factores que contribuyen a su importancia económica son la alta demanda como productos gourmets, escases debido a su crecimiento estacional y las propiedades organolépticas particulares de cada especie. En Patagonia ambos tipos de hongos se encuentran presentes, Morchella en bosque nativo de Astrocedrus chilensis y Nothofagus antárctica, mientras que R. roseolus en plantaciones de Pinus spp, siendo muy atractivos para el comercio exterior debido a su producción en contra estación. El objetivo de este trabajo es presentar el proyecto y resultados preliminares del estudio de la diversidad genética intra e interespecífica de Morchella spp y R. roseolus y establecimiento de relaciones filobiogeográficas. Para ello se recorrieron plantaciones y bosques de A. chilensis y plantaciones de Pinus spp. lográndose conformar una colección de fructificaciones y cultivos de ambos tipos de hongos para su análisis morfofisiológico y molecular. Se evaluaron las características morfológicas de las fructitifcaciones y los cultivos y se extrajo ADN de las fructificaciones de R. roseolus y de los cultivos de Morchella spp. En la próxima instancia se prevee la secuenciación de regiones del ADN informativas y la obtención de datos filogenéticos que permitan la delimitación de especies y linajes y correlacionar los mismos con propiedades organolépticas y de crecimiento útiles para la producción y comercialización sustentable de estos recursos fúngicos de la región. Palabras clave: Morchella, Rhizopogon roseolus, Astrocedrus chilensis, Nothofagus antárctica, Pinus spp

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