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La sobre-explotación de los recursos naturales en el ámbito rural establece una relación negativa con el ambiente, implicando modificaciones en el uso del suelo, y a su vez originan el desarrollo no sustentable del recurso. Ante esta problemática se ve la necesidad de tomar medidas tendientes a mejorar las condiciones ambientales y sobre todo de cobertura vegetal, a fin de conservar el recurso hídrico. El objeto de este trabajo es evaluar el impacto de las prácticas agrícolas en la cantidad y calidad de aguas. En este contexto es deseable poder cuantificar el uso de pesticidas y herbicidas en los cultivos de la zona y su influencia en la calidad de aguas. El modelo seleccionado es el Soil and Water Assessment Tool desarrollado por el Departamento de Agricultura de los Estados Unidos. El sistema hidrológico elegido es la cuenca de Cañada de Gómez, 250 km2 de extensión que forma parte de la cuenca biprovincial del Río Carcaraña, se cuenta con datos de tipos y usos de suelo, y las series climatológicas correspondientes a los años 2002-2007. Se calibró y validó el modelo y se evaluaron distintos escenarios de cultivos. La herramienta computacional utilizada nos permitió obtener resultados numéricos que reflejan la contaminación del recurso hídrico provocado por prácticas agrícolas ya que permite evaluar distintas alternativas, para la determinación de caudales y contaminantes a nivel de cuenca. La capacidad de predicción de las variables del ciclo hidrológico indican que SWAT puede ser utilizado como una herramienta para la planificación orientada a la gestión sustentable de los recursos hídricos, obteniéndose resultados aceptables para cuencas de llanura no aforadas.