INVESTIGADORES
FARBER Marisa Diana
congresos y reuniones científicas
Título:
Desarrollando un entorno de trabajo para integración, curado y utilización de datos genómicos.
Autor/es:
BERNARDO J. CLAVIJO; RIVAROLA M; P. FERNANDEZ; GONZALEZ SERGIO; FARBER M; PANIEGO N
Reunión:
Congreso; Congreso Argentino de Agroinformática 2011; 2011
Institución organizadora:
Sociedad Argentina de Informática
Resumen:
A partir del acceso a la secuenciación masiva a través de las tecnologías de nueva generación, los estudios de genómica se expandieron mas allá de las especies modelo, hacia las especies deinterés agronómico, de la salud o ambiental involucrando a un mayor número de actores en el ámbito de las ciencias y la innovación. La generación masiva de datos produce la necesidad de almacenary procesar datos biológicos obtenidos a partir de diversas fuentes, lo cual representa un obstáculo a la hora de formalizar un modelo de datos y las técnicas adecuadas de manipulación e integración delos mismos. Si bien existen antecedentes, fundamentalmente en grandes centros de secuenciación y curado de datos, en la creación de herramientas específicas para permitir el almacenamiento y elcurado de secuencias genómicas con diferentes tipos de anotación, estas soluciones “inhouse”se han desarrollado con un enfoque poco general, más bien muy adaptados a un “workflow” particular dellugar o grupo de trabajo, lo cual limita la adopción de estos recursos por terceras partes.En este contexto, surge el desarrollo del entorno de trabajo para la integración, curado y utilización de datos genómicos expuesto en este poster. Las características destacadas del mismo son un fuerteenfoque a la combinación de datos e interpretación y la generación de un ámbito colaborativo para llevar adelante iniciativas multidisciplinarias. El entorno permite almacenar datos, tanto de lassecuencias como de su anotación proveniente de diferentes análisis, en forma estructurada y clara, asociada a las ontologías existentes. Permite su correcta y consistente visualización y consulta, almismo tiempo que se facilita el intercambio y actualización de datos. Facilita la manipulación datos, tanto por medio de herramientas sencillas, muchas de las cuales están disponibles como pipelines yweb services, como así también a través de procesos manuales de agregado de evidencias y curado en general.