Evaluacion de SSR derivados de EST (Expressed Sequence Tags) de Chenopodium quinoa como herramienta para la caracterizacion molecular

COSTA TÁRTARA, S. M.; MANIFESTO, M. M.; BERTERO, H. D

Rosario

Simposio; VII Simposio Nacional de Biotecnologia REDBIO Argentina; 2009

REDBIO

Evaluación de SSR derivados de EST de Chenopodium quinoa spp quinoa como herramienta para la caracterización molecular. Costa Tártara S M 1, Manifesto M M 1, Bertero H D 2  1 Instituto de Recursos Biológicos CIRN-INTA, Las Cabañas y de los Reseros s/n, Hurlingham (1686). scosta@cnia.inta.gov.ar - manifesto@cnia.inta.gov.ar 2 Facultad de Agronomía (UBA), Av. San Martín 4453, Capital Federal (C1417DSE). bertero@agro.uba.ar   Conocer la variabilidad genética de las especies vegetales es de gran importancia para ampliar el conocimiento de las mismas, aportando criterios para su conservación y aprovechamiento de esta información para su uso en agricultura. Chenopodium quinoa Wild. una especie originaria de la región del Noroeste Argentino, se destaca por tener la capacidad de producir granos con un excelente nivel de proteínas de alto valor biológico en una amplio rango de ambientes, cumpliendo un destacado rol en la alimentación de los habitantes de la zona andina. Para complementar el análisis de variabilidad aplicando marcadores moleculares microsatélites (SSR) existentes para la especie, se desarrollaron SSR in silico a partir de dbEST de C. quinoa disponibles en el NCBI. Se encontraron 424 ESTs públicos de quínoa, de los cuales 341 fueron unigenes; 70 secuencias presentaron al menos un microsatélite, siendo el trinucleotido el motivo más frecuente. Se diseñaron primers, se seleccionaron aquellos cuyo score fue el más elevado. El objetivo de este trabajo es evaluar marcadores SSR neutros y SSR derivados de EST (EST-SSR) como herramientas para la caracterización molecular.  Se ensayaron 12  SSR neutros y 6 EST-SSR en 16 genotipos. El numero de alelos promedio obtenido para los SSR neutros fue 7, mientras que para los SSR de EST fue 2,5. Asimismo, Indice de Contenido Polimórfico (PIC) promedio obtenido fue de 0,74 y 0,41, respectivamente. Si bien el contenido polimorfico para regiones del genoma que se expresan es menor, los EST-SSR resultan una alternativa valida en la caracterización de germoplasma.