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La citricultura representa el principal cultivo frutícola en cuanto a volumen de producción en Argentina y Brasil. Los cítricos al igual que todos los cultivares se ven sometidos al ataque por patógenos que generan importantes pérdidas económicas. Una de las respuestas más generales de defensa de plantas es la respuesta hipersensible o HR, la cual conlleva una serie de cambios a nivel fisiológico y transcripcional. Este trabajo tiene como objetivos caracterizar la interacción incompatible no hospedadora entre Citrus sinensis var. Valencia y la bacteria fitopatógena Xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria (Xcv) y analizar el transcriptoma de la planta en esta respuesta. Para la caracterización se utilizaron curvas de crecimiento, ensayos fenotípicos, de liberación de iones y técnicas histoquímicas. La evaluación fenotípica al igual que el resto de los ensayos realizados indicaron que la planta de naranjo dulce presentó una respuesta hacia la bacteria con características de respuesta hipersensible, con necrosis o muerte celular notoria a las 24-48 hs post-infiltración (pi), disminución en el número de células bacterianas con el tiempo y una rápida producción de especies reactivas del oxígeno y disrupción de la membrana plasmática debido al daño provocado por la bacteria. Los cambios transcripcionales se analizaron mediante microarreglos a las 8 hs pi. El transcriptoma presentó alteración en los niveles de transcripción de 2243 sondas (p<0.001), donde 931 aumentaron y 1312 disminuyeron su expresión. Estos unigenes fueron agrupados según sus categorías funcionales, identificándose genes de respuesta a estrés biótico, estrés abiótico, defensa, regulación transcripcional, señalización, etc. Entre éstos los más destacados son los que poseen homologías a proteínas del tipo PR, a factores de transcripción de las familias ERF y WRKY, a proteínas de resistencia con regiones LRR y a proteínas involucradas en las cascadas de señalización. Mediante Real Time PCR se confirmó el patrón de expresión de los transcriptos de interés algunos de los cuales permitieron también caracterizar molecularmente la interacción. La evaluación posterior de la función de cada una de estas proteínas en la interacción permitirá conocer mejor los mecanismos moleculares de defensa de los citricos los cuales podrán ser utilizados en estrategias de mejoramiento en búsqueda de plantas resistentes a diferentes enfermedades.