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La introducción de técnicas moleculares en microbiología ha revolucionado la capacidad de detección y análisis de agentes etiológicos de enfermedades humanas. Su aplicación en virología ha permitido mejorar la capacidad de predecir la progresión de enfermedades, la eficacia de terapias y vacunas, y el desarrollo de resistencias. Desde un punto de vista técnico, han reemplazado el cultivo celular como método diagnóstico ya que permiten la detección e identificación de ácidos nucleicos virales presentes en muy bajas cantidades en muestras biológicas y, por lo tanto, el estudio molecular de la mayor parte de las infecciones virales agudas y persistentes. En el mundo desarrollado existen sistemas comerciales standarizados para un grupo de virus de interés económico tales como el virus de inmunodeficiencia humana, el virus de la hepatitis C (VHC), el citomegalovirus, el papillomavirus humano (HPV), etc. Sin embargo, en nuestro país no existen desarrollos biotecnológicos regionales dirigidos a esta problemática por lo que la mayor parte del diagnóstico molecular se realiza mediante ensayos caseros. Si bien el uso de tales ensayos es una estrategia válida, es necesario verificar la eficiencia del proceso completo al cual la muestra es sometida para la obtención de resultados confiables y seguros. El proceso de detección de un agente infeccioso por amplificación génica se desarrolla en 3 etapas. La primera consiste en la extracción y purificación de los ácidos nucleicos del microorganismo de la muestra biológica, seguido de la amplificación de un segmento seleccionado del genoma del microorganismo mediante reacción en cadena de la polimerasa, es decir, la PCR propiamente dicha. Finalmente, en la tercera etapa se lleva a cabo la detección de los fragmentos amplificados en la PCR (amplicones) por electroforesis en gel de agarosa y tinción con bromuro de etidio, o mediante hibridación con sondas específicas. Es claro que las consideraciones a tener en cuenta varían si la molécula blanco es ADN o ARN. En esta presentación se discutirán los requerimientos para los ensayos moleculares destinados al diagnóstico de infecciones virales. Como ejemplo de virus con genoma a ADN, se analizará la detección molecular de HPV mucosotrópicos, asociados al desarrollo de cáncer cervical, mientras que como ejemplo de virus a ARN, se presentará el sistema de diagnóstico molecular de VHC que incluye el desarrollo de un control interno competitivo para verificar todas las etapas del procedimiento.