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Actualmente se postula que dentro de un tumor existen distintas poblaciones celulares. Entre ellas, una subpoblación minoritaria de células con menor grado de diferenciación denominadas Células Stem Tumorales (CST), tiene la capacidad de autorrenovarse, dividirse ilimitadamente y dar lugar a células con distinto grado de diferenciación. Debido a que las CST tienen la capacidad de crecer en un medio libre de anclaje, la formación de colonias bajo estas condiciones puede ser empleada como un método para seleccionar CST-like. Existen actualmente dos potenciales marcadores proteicos de CST en CCR: CD133 y CD166, aunque hay aún evidencias contradictorias. El objetivo del presente trabajo fue caracterizar la expresión de las proteínas CEA, EGFR, CK20, CD133, CD166 y Ki67 en las colonias (células clonogénicas) como en las líneas celulares de origen HCT-116, DLD-1, CACO-2 y HT-29. Para ello se crecieron células en medio de cultivo con metilcelulosa 1,5% durante 7 días. Se observó que en las cuatro líneas analizadas la formación de colonias fue directamente proporcional a la cantidad de células plaqueadas. Las colonias fueron aisladas bajo microscopio de contraste de fases, y a partir de ellas se extrajo ARN total. Luego, por qRT-PCR se obtuvo en general una expresión significativamente mayor de los transcriptos de Ki67, CD133 y CD166 en la línea de origen, con respecto a la colonia. Si bien aún resta evaluar la expresión proteica de los marcadores CD133 y CD166, estos resultados no apoyarían a los mismos como candidatos de CST en el sistema de estudio. Finalmente, por inmunocitoquímica se determinaron los niveles de expresión de Ki67, CEA, EGFR y CK20 en células de las líneas de origen y en las colonias, observándose una expresión diferencial en algunos de ellos. La importancia del presente trabajo radica en la identificación de blancos moleculares en células clonogénicas contra los cuales podrían ir dirigidos nuevos agentes terapéuticos.