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El objetivo del presente trabajo fue caracterizar de manera preliminar la variación genética encontrada a escala geográfica, en los diferentes morfotipos de Prosopis, en su área de distribución natural principalmente en Argentina, Paraguay y Bolivia a través de marcadores de cloroplasto. A los materiales correspondientes a los diferentes morfotipos de algarrobos blancos existentes en la Región chaqueña argentina, se sumó el relevamiento de los recursos genéticos de Prosopis en otras áreas naturales de su distribución, localizadas en Paraguay y Bolivia. Actualmente se cuenta con aproximadamente 350 muestras provenientes del gran chaco. Para el análisis genético se utilizaron alrededor de 64 muestras provenientes de Prosopis de Bolivia, Paraguay y Argentina, cubriendo gran parte de su área de distribución y de su variación morfológica, se seleccionaron individuos correspondientes a diferentes grupos morfológicos, los cuales fueron determinados previamente a través de un análisis morfológico de hojas y clasificados en diferentes Morfotipos. Se realizó un screenning de 6 regiones no codificantes de cloroplasto, utilizando para cada caso, 7 individuos representativos de la distribución geográfica del complejo estudiado. Se realizó un análisis exploratorio para evaluar la variabilidad de diversas regiones no codificantes de cloroplasto: rpl32-trnL, ndhf-rpl32, trnD-trnT, trnH-psbA, rps16-trnQ, trnL-trnF, que según la bibliografía serían de las secuencias más variables (Shaw et al. 2007).En las muestras analizadas se encontró un total de 22 haplotipos, En el 40 % de los árboles muestreados se encontró el haplotipo 1, en el 15 % el haplotipo 7, y el 6 % de los árboles muestreados presentó el haplotipo 6 y 9. El resto de los haplotipos se encontraron en muy baja frecuencia. La mayor variabilidad de haplotipos se encontró en Bolivia.