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En ecología evolutiva, al realizar estudios de variación geográfica de carac-teres florales es importante considerar que los rasgos se encuentran asociados diferencialmente entre sí y que existen factores históricos que influencian di-cha variación. En este trabajo, caracterizamos y comparamos las matrices de varianza-covarianza fenotípica de caracteres florales provenientes de seis po-blaciones naturales de Calceolaria polyrhiza, inmersas en contextos históricos distintos. Tres de ellas se encuentran en áreas que fueron refugio durante las glaciaciones pleistocénicas, donde la especie habría persistido en interacción con su polinizador, por lo que asumimos que se encontró bajo un régimen de selección natural constante. Las restantes poblaciones corresponden a sitios que han sido colonizados recientemente (post-glaciación), donde los efectos de la deriva genética serían mayores. A partir de la medición de 17 variables florales se construyeron matrices de correlación y de varianza/co-varianza fenotípica para cada población, que fueron comparadas siguiendo aproxima-ciones de modularidad, integración fenotípica y evolucionabilidad, y cuya estructura fue caracterizada mediante análisis de random skewers y compo-nentes principales comunes. No se apreciaron módulos de rasgos florales en ninguna población, y encontramos que, con excepción de un caso, las pobla-ciones que surgieron de colonizaciones recientes muestran mayor integración fenotípica global y mayor evolucionabilidad que los refugios. En las poblaciones recientes existe mayor variabilidad fenotípica, particularmente en rasgos relacionados al ajuste planta-polinizador, lo cual es esperable bajo un escenario de relajamiento de la selección mediada por polinizadores durante el proceso de colonización post-glaciación.