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En los bosques de lenga (Nothofagus pumilio) del Parque Nacional Nahuel Huapi, frecuentemente ocurren incendios y poco se sabe acerca de sus efectos sobre otros organismos, en particular los hongos del suelo. En estos bosques, muchas especies fúngicas, establecen una simbiosis mutualista que es indispensable para la supervivencia y desarrollo de los mismos. Los hongos, interactúan mediante su sistema subterráneo de hifas con las raíces de los árboles, con otros organismos del suelo, nutrientes y agua en un complejo y equilibrado sistema. En este estudio evaluamos la colonización por hongos ectomicorrícicos (Basidiomycota y Ascomycota) en las raíces de lenga en sitios con bosques afectados y no afectados por incendios en tres áreas que presentan diferencias pluviométricas (Chall Huaco y Otto con 1500 mm y Mascardi 1750 mm). En los sitios se establecieron tres transectas de 40 m (n = 36) y en cada una de ellas se tomaron cinco muestras de suelo y raíces (15 x 8 cm), en primavera (2005) y otoño (2006). Los datos fueron analizados con ANAVA de tres factores: incendio, área y estación. Los resultados muestran que la colonización ectomicorrícica es significativamente menor en los bosques que han sido afectados por incendios (p = 0.01). Además, se observaron diferencias significativas entre áreas (p = 0.0002). Mascardi mostró porcentajes de colonización significativamente más altos que Chall Huaco y Otto. Sin embargo se observó una interacción significativa entre incendio y área (p = 0.035). Por otro lado, no se observaron diferencias estacionales en la colonización. De esta manera, los resultados sugieren que los incendios podrían afectar la dinámica de los bosques de lenga a través de sus efectos sobre la colonización ectomicorrícica.