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El uso de recursos renovables para la producción de energía es actualmente una necesidad concreta. El empleo de biomasa vegetal para la producción de biocombustibles es una alternativa viable si se logra con balances positivos a nivel energético y económico, y sin efectos negativos sobre el medio ambiente y el mercado de alimentos. En este sentido, los costos en la producción de biocombustibles pueden ajustarse en tres aspectos: reduciendo los costos de producción del cultivo, expandiendo la región de producción hacia zonas marginales y reduciendo los costos de conversión de la materia prima en azúcares y etanol. Dentro de este marco, la ingeniería genética y el mejoramiento molecular han permitido aumentar el rendimiento y la calidad de la biomasa, tanto en cultivos agronómicos como forestales según las necesidades determinadas por las industrias. En la actualidad, la mayoría de los esfuerzos de investigación están enfocados sobre tres factores críticos que influyen directamente en la producción: los pretratamientos que remueven la lignina, la producción de enzimas que convierten a la celulosa y hemicelulosas de la pared celular en azúcares, y la fermentación de los azúcares simples en etanol. Además, reducir y/o modificar el contenido de lignina en las plantas permite aumentar el rendimiento de celulosa en la producción de papel y biocombustibles, y aumentar la digestibilidad de los forrajes. La ingeniería genética tiene un rol clave en este objetivo. En Argentina, la producción de biodiesel se basa en cultivos tradicionales como la soja y el girasol y la producción de bioetanol se basa en cultivos como la caña de azúcar y el maíz. Sin embargo, estos cultivos tradicionales serán reemplazados a largo plazo por cultivos alternativos como el cártamo, la jatropa, el sorgo dulce y algunas pasturas tanto templadas como subtropicales.