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Los granos andinos tienen gran potencial de transformación en nuevos productos, pero su aprovechamiento integral es un desafío tecnológico. La extrusión podría mejorar las propiedades fisicoquímicas de harinas integrales para formular panificados sin gluten. El objetivo de este trabajo fue evaluar el impacto de las condiciones de extrusión sobre las propiedades tecnofuncionales de harinas integrales de maíces andinos capia, bolita y chulpi, para estimar su potencial panadero. Las harinas se extrudieron en un extrusor Brabender monotornillo con relación de compresión 3:1, boquilla de 3 mm, a las temperaturas 100, 120 y 140 °C, humedades 15, 20 y 25 %, velocidades de tornillo 80, 100 y 120 rpm, usando un diseño ortogonal incompleto. Se determinó la composición proximal de las harinas integrales nativas. En las harinas nativas y extrudidas se determinaron el índice de absorción de agua (IAA), índice de solubilidad en agua (ISA), capacidad de retención de aceite (CRO), capacidad de retención de agua (CRA) y poder de hinchamiento (PH). Los maíces andinos presentaron diferencias significativas en su composición (g/100g bs). El maíz chulpi presentó el menor contenido de carbohidratos (72,13±0,32), mayor contenido de proteínas (9,33±0,07) y cenizas (1,94±0,08). El maíz bolita presentó el menor contenido de lípidos (5,41±0,10). Se encontraron diferencias significativas entre tratamientos para todas las propiedades tecnofuncionales excepto en CRO. La mayor parte de la variabilidad de datos se debió a la humedad y la temperatura de extrusión. En general, las muestras de maíz capia y bolita tuvieron un comportamiento similar, presentando mayores IAA, CRA y PH a altas humedades y temperaturas; contrariamente, el ISA fue mayor a bajas humedades. Las harinas integrales extrudidas de maíz capia y bolita con mayores IAA, CRA y PH, podrían mejorar la consistencia de la masa y la suavidad de los panes sin gluten, incrementando a su vez el rendimiento.