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Los microorganismos presentes en ambientes que atesoran materiales pertenecientes al patrimonio cultural pueden ser causantes del biodeterioro de colecciones valiosas y afectar la salud de las personas. El objetivo de este trabajo fue determinar la concentración microbiana del aire en diferentes depósitos, realizar la identificación taxonómica de los microorganismos aislados y definir el riesgo potencial que ellos representan para el biodeterioro del patrimonio documental y la salud. El control microbiológico del aire y de diferentes materiales (mapas y fotos) se realizó en los depósitos del Archivo Nacional de Cuba y el Archivo Histórico de la Plata. Se midió la temperatura y la humedad relativa. Para el control microbiológico del aire se emplearon placas de Petri expuestas según la metodología de Omeliansky y para la toma de muestra de documentos se usó el hisopado. Los géneros fúngicos que predominaron en el aire de ambos depósitos fueron Aspergillus, Cladosporium y Penicillium, coincidiendo de manera general con los hallados sobre los documentos. La mayoría de los hongos aislados degradaron la celulosa y produjeron pigmentos y ácidos. Con relación a las bacterias del aire se pudo detectar que predominaron las Gram positivas en ambos locales y entre los géneros identificados se encontraron, Streptomyces, Bacillus, Streptococcus y Staphylococcus. De los documentos se pudieron aislar los géneros Clostridium, Bacillus y Streptomyces, todos ellos con conocida actividad proteolítica y/o celulolítica. Las bacterias y los hongos aislados son capaces de producir enfermedades. Se obtuvieron concentraciones microbianas elevadas en los dos locales del Archivo Nacional de Cuba y en particular, los niveles de bacterias fueron significativamente altos. En el Archivo Histórico del Museo de La Plata los valores fueron más bajos.