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El género Entamoeba incluye especies de importancia sanitaria que se clasifican de acuerdo a la morfología de los quistes y los trofozoítos, y al hospedador que parasitan. Los análisis moleculares permiten identificar a nivel de especieentre agentes patógenos con morfología indistinguible y establecer relaciones filogenéticas. El objetivo de este trabajo fue identificar a nivel específico cuatro aislamientos de Entamoeba de heces humanas de poblaciones de Buenos Aires(Argentina) y Yucatán (México) utilizando un marcador nuclear rDNA 18S. El ADN de las muestras fecales, con diagnóstico morfológico de Entamoeba, se extrajo directamente sin purificación previa. Se obtuvieron secuencias de dos aislamientos de Buenos Aires (B1 y B2) y dos de Yucatán (Y1 e Y2). Las secuencias obtenidas se compararon con 26 secuencias disponibles, pertenecientes a nueve especies de Entamoeba de 10 países y 9 hospedadores. Los resultados se incluyeron en un análisis filogenético utilizando Maximum likelihood. El análisis molecular corroboró la identificación morfológica de B1 e Y1 como E. coli, y permitió identificar a B2 como E. dispar y a Y2 como E. hartmanni cuya identificación morfológica solo había permitido indicar la presencia del complejo E. hystolitica/E. dispar. En este estudio, las técnicas molecularessumaron al diagnóstico coproparasitoscópico convencional, incrementando la precisión en la identificación de estos enteroparásitos. Además se reporta por primera vez la presencia de E. dispar y E. hartmanni en las poblaciones estudiadas y se ponen a disposición en Genbank nuevas secuencias ampliando el rango hospedatorio y geográfico conocido para cada especie de Entamoeba. En suma, se contribuye con una hipótesis filogenética que incluye los 4 nuevos registros y 12 secuencias no consideradas previamente en otras propuestas. Las relaciones entre especies mantienen la conformación de clados propuestos previamente en otros análisis filogenéticos.