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Los cestodes Hymenolepididae de roedores comprenden especies de importancia epidemiológica, biogeográfica y evolutiva. Entre éstas se encuentran Hymenolepis diminuta, Rodentolepis nana, Arostrilepis tenuicirrosa. Los estudios morfológicos son frecuentemente insuficientes para realizar una identificación certera y explicar la diversidad taxonómica observada. En este marco, las técnicas moleculares permiten contribuir a resolver casos de difícil diagnóstico. El objetivo de este trabajo fue aportar al conocimiento taxonómico molecular de una especie de Hymenolepis (Hymenolepididae-Cyclophyllidea) de roedores Cricetidae de Argentina, cuyo estudio morfológico no permite corroborar su identificación a nivel específico. Se hallaron especímenes de Hymenolepis sp. en Oxymycterus rufus (Cricetidae: Sigmodontinae) de Sierra de la Ventana, Buenos Aires, Argentina. Este cestode se registró con una prevalencia (P) = 10.12% y una intensidad media (IM) = 4 sobre un total de 1724 especímenes de cricétidos analizados pertenecientes a 30 especies, y con una P=75% e IM=4 para la población de O. rufus. Se realizaron análisis moleculares sobre tres especímenes de Hymenolepis sp. basados en dos marcadores ITS1 y citocromo oxidasa 1 (cox1). Las secuencias obtenidas fueron comparadas con las disponibles para Hymenolepididae en GenBank. El análisis de distancias genéticas muestra que Hymenolepis sp. objeto de estudio se encuentra estrechamente relacionada con Hymenolepis sp. aislado de humano. Ambas especies conforman un clado hermano de Hymenolepis hibernia parásito de roedores Muridae Euroasiáticos. Asimismo, este clado constituye el grupo hermano de H. diminuta. Los resultados demuestran que las secuencias de cox1 e ITS1 de Hymenolepis sp. hallada en O. rufus son diferentes a otras disponibles. Nuevos estudios morfológico-moleculares son necesarios para determinar su estatus específico, así como la realización de análisis eco-epidemiológicos para establecer su potencial zoonótico.